本文基于线粒体Cytb和COI联合基因,构建流域内现存鱼类系统发育树,对不同群落进行系统发育多样性研究,寻找系统发育多样性指数与水温、水深等环境因子的相关性。此外,选取了4种鲤科鱼类进行遗传多样性及种群历史动态分析,对其种群遗传结构进行探讨,结果主要如下:1.基于联合基因对白洋淀流域152条鱼类序列进行α多样性及系统发育多样性分析。结果显示:白洋淀流域的54种鱼类单倍型系统发育树分为3大分支,分支Ⅰ为鲤形目鱼类,分支Ⅱ为鲇形目鱼类,分支Ⅲ包括有鲈形目、胡瓜鱼目、合鳃目及颌针鱼目等鱼类。根据系统发育树对流域内各群落多样性研究显示,α多样性指数呈现一致性,排序为:拒马河群落>白洋淀群落>沙河群落>王快群落>府河群落>孝义河群落>西大洋群落,系统发育多样性指数中,系统发育多样性（PD）排序为:白洋淀群落>拒马河群落>王快群落>沙河群落>府河群落>孝义河群落>西大洋群落,系统发育多样性（PD）与平均最近种间系统发育距离（MNTD）大体为显著性相关,净最近种间亲缘关系指数（NTI）与净种间亲缘关系指数（NRI）无相关性,物种丰富度与PD指数为显著相关。对环境因子中水温及水深进行了相关性分析,结果显示NTI随着平均水温的增加而降低,为显著相关。2.基于联合基因对白洋淀流域沙河和拒马河分布的宽鳍鱲种群遗传结构及种群历史动态进行分析。结果表明:2个种群共计有141个样本,检测出45个单倍型,其中2个为共享单倍型。拒马河种群的遗传多样性高于沙河种群（h:0.7120>0.4514,π:0.01182>0.00313）。系统发育树、单倍型网络图及遗传分化系数（FST）均表明2个种群间未出现明显分化。中性检验及错配分析显示沙河种群未经历过群体扩张,错配分布图及贝叶斯天际线显示拒马河种群在0.004百万年前经历了种群扩张。结合单倍型网络图及系统发育树分析,沙河种群可能经历过奠基者效应,由拒马河种群扩散而来。参考鲤科鱼类Cytb基因每百万年0.84%～1%的进化速率,估算2个种群的分歧时间为0.089～0.067百万年前。3.基于联合基因对白洋淀流域5个水域,即白洋淀、沙河（包括王快水库）、府河、孝义河、及唐河（包括西大洋水库）分布的（?）种群遗传结构及种群历史动态分析。结果显示:5个种群共有155个样本,检测出单倍型45个,其中8个为共享单倍型。白洋淀种群、沙河种群、孝义河种群遗传多样性（h:0.8479～0.9447,π:0.00727～0.01081）高于唐河种群及府河种群（h:0.7190～0.7596,π:0.00533～0.00621）。系统发育树、单倍型网络图及遗传分化系数（FST）表明5个种群间未出现明显分化。中性检验、错配分析结合贝叶斯天际线,显示孝义河种群在0.075百万年前经历种群扩张事件,后出现下降趋势,其他种群在保持稳定后出现有效种群减小趋势。估算5个种群的分歧时间为0.288～0.129百万年前。4.基于联合基因对拒马河和天津泃河分布的拉氏鱥种群遗传结构及种群历史动态分析。结果显示:2个种群共有71个样本,检测出26个单倍型,其中有1个共享单倍型。泃河种群的遗传多样性高于拒马河种群（h:0.8603>0.7338,π:0.01311>0.00310）。系统发育树、单倍型网络图及遗传分化系数（FST）表明2个种群间未出现明显分化。中性检验及贝叶斯天际线显示拒马河种群在0.045百万年前经历种群扩张事件,泃河种群保持稳定,结合单倍型网络图及系统发育树分析,拒马河种群可能经历过奠基者效应,由泃河种群扩散而来。估算2个种群的分歧时间为2.077～1.578百万年前。5.基于联合基因对拒马河及沙河分布的青龙山小鰾鮈种群遗传结构及种群历史动态分析。结果显示:2个种群共有76个样本,检测出单倍型27个,其中4个为共享单倍型。沙河种群的遗传多样性高于拒马河种群（h:0.8954>0.8329,π:0.00606>0.00480）。系统发育树、单倍型网络图及遗传分化系数（FsT）表明种群间无明显分化现象。错配分布图及贝叶斯天际线分析显示拒马河种群在0.25百万年前经历种群扩张事件,估算2个种群的分歧时间为0.138～0.105百万年前。