恒河猴(Macaca mulatta)作为猕猴属中数量最多、地理分布范围最广的一个种,遍布了中国60%以上的省份。但对青藏高原东南缘恒河猴野生群体的遗传多样性状况知之甚少。本实验利用非损伤采样方法,共采集了中国青藏高原东南缘四个省份11个地区共294个野生恒河猴粪便样品,基于野生恒河猴mtDNA D-loop区部分序列和Cyt b基因全序列作为分子标记,对我国青藏高原东南缘恒河猴的遗传多样性进行了评估并试图利用mtDNA Cyt b基因作为恒河猴亚种条形码从分子水平对野生状况下的恒河猴进行亚种归类,其结果将为我国青藏高原东南缘野生恒河猴群体的遗传资源的有效保护和利用提供一定的科学依据。主要结果如下:1)本研究对来自青藏高原东南缘地区共11个地理种群294个不同恒河猴个体的线粒体DNA控制区序列片段进行了测定和分析,共发现84个变异位点(17.6%),并定义了36个单倍型,其中有21个单倍型是首次被报道。在所有的单倍型中,仅有2个单倍型是种群间共享单倍型(JC1、DB4),其余34单倍型均是各个种群特有的单倍型。2)通过DNAsp 5.0软件计算了青藏高原东南缘11个地区恒河猴整体的遗传多样性相关参数,结果表明:核苷酸多样性(Pi)值为0.0303±0.0031,单倍型多样性(Hd)值为0.911±0.007,平均核苷酸差异数(K)值为14.293,表明青藏高原东南缘地区整体的遗传多样性较高,但是部分种群,如西藏类乌齐(LWQ)、江达(JD)和青海玉树(YS)种群的遗传多样性水平较低。3)基于恒河猴线粒体DNA D-loop控制区部分序列共36个单倍型构建了系统发育树。系统发育分析的结果表明,青藏高原东南缘地区的恒河猴群体分为两大支系:Clade I、Clade II,这两个支系分别相应于西藏亚种(M.m.vestita)和川西亚种(M.m.lasiotis)。4)以Cyt b基因序列作为DNA亚种分类条形码构建的系统发育树表明,本次研究的恒河猴群体明显聚为西藏亚种和川西亚种两大支,与根据线粒体DNA D-loop控制区序列得到的结论高度一致。这说明Cyt b基因可以作为一种可靠的DNA条形码用于恒河猴亚种鉴定之中。