加快农业发展方式转变是发展现代农业的必经之路，提高农业综合生产能力是转变农业发展方式的重中之重，农业生产要素有效配置是提高农业综合生产能力的关键。本文运用数据包络分析方法首先对1991-2011年云南省及各地区的农业生产进行了Malmquist全要素生产率指数测算，并具体分析了Malmquist全要素生产率指数的分解值，然后分析了农业生产要素配置综合效率、投入冗余和产出不足以及2011年度云南省各地区的农业生产要素配置情况，最后通过Tobit模型对云南省农业生产要素配置进行了影响因素分析。得到的基本结论是：一、云南省各地区农业生产效率存在差异，技术进步是主要的影响因素；二、云南省农业生产要素配置效率稳步提升；三、云南省部分地区农业生产要素配置有待优化；四、云南省农业生产要素配置效率的影响因素是多方面的。针对上述观点，结合云南省农业生产实际，提出了相应的对策建议包括：一、加大农业科技投入，加快农业发展方式的转变；二、强化农业基础设施建设，加快农业生产结构调整；三、加快土地流转，实现农业规模化经营；四、加大农村教育投入，加快农村富余劳动力转移；五、积极培育农村生产要素市场，促进农业生产要素有效配置。以期为提高云南省农业资源配置效率提供参考。