斑点叉尾鮰( Ictalurus punctatus)属脊索动物门(Chordata),辐鳍鱼纲(Actinopterygii),新鳍鱼亚纲(Neopterygii),鲇形目(Siluriformes),北美鲶科(Ictaluridae),叉尾鮰属(Ictalurus)。原产于美国和墨西哥北部,1984年引进我国,经多年养殖推广,已遍及全国20多个省、市、自治区。由于引进后多年累代养殖,没有经过认真的选育,所以目前种质退化现象严重。主要表现为抗病力下降、生长缓慢等,并且高密度集约化养殖时易发生大规模病害和死亡,是造成当前国内鮰鱼养殖效益不佳的主要原因之一。为进一步提高养殖鮰鱼的产量和质量,保证鮰鱼养殖业的可持续发展,进行斑点叉尾鮰遗传育种改良,遗传分化、遗传多样性水平,特别是主要养殖性状退化的分子遗传学机制已成为人们关注的课题。DNA分子标记所具有的稳定性、准确性和可靠性使其能够准确的反映生物的遗传信息。本文利用AFLP和SSR两种分子标记对中国1984年、1997年、2004年引进的斑点叉尾鮰群体以及1984年和1997年群体杂交的F1代群体的遗传多样性进行研究,以期为斑点叉尾鮰的苗种繁育、种质资源的保存和利用以及种质鉴定等工作提供一定的理论基础。本实验共筛选了10对AFLP引物以及10对SSR引物,对4个群体的120个(每个群体30个个体)斑点叉尾鮰进行了研究。利用Popgen 32软件分析了群体内的遗传变异和群体间的遗传结构,计算不同地理种群的遗传距离,用UPGMA法构建了4个群体的系统发生树。两种方法所得的结果如下:利用10对AFLP引物共扩增出523个位点,其中有243个多态性位点,平均每个引物扩增出24.3个多态性的位点。10对SSR引物共扩增出35个等位基因,平均每个位点为3.5个。在检测遗传变异时两种方法都表明4个群体都具有中等的遗传多样性。而且,SSR检测到的变异性都高于AFLP标记的检测结果。两种方法检测的有效等位基因数(Ne)分别为1.2026(AFLP)和2.1098 (SSR),AFLP检测到的杂合度Nei(H)指数分布在0.0781和0.1137之间;SSR检测的观测杂合度分布在0.4768和0.5982之间。用SSR方法分析时发现,群体总的观测杂合度(Ho=0.5249)明显的高于期望杂合度的值(He = 0.5161),存在杂合度过剩的现象。两种方法所得的4个群体的遗传多样性顺序有一定差别,4个群体的遗传多样性参数由大到小依次为:AFLP法:P8497、P1997、P2004、P1984;SSR: P2004、P1997、P8497、P1984。其中P1984群体的遗传多样性各参数在所有群体中都是最低的。利用AFLP分析的群体间的遗传分化度(Gst)为0.0957,各群体间的Gst分布在0.0798～0.1192之间;SSR测得的群体间总的近交系数(Fst)为0.0196,说明群体内总的遗传分化中有1.96﹪是来自群体间的遗传变异。同时利用Gst和Fst得出的群体内总的Nm分别为4.8404(AFLP)和23.3290(SSR),证明各群体间基因流动性很好。利用两种方法计算的4个群体的遗传距离分布在0.0079～0.0158(AFLP)之间和0.0066～0.0632(SSR)之间。基于遗传距离所构建的系统发生树表明,4个群体共分为了三个组:P1997和P2004首先聚为一类,再与P8497聚为一支,而P1984单独成为一支。通过对斑点叉尾鮰的遗传变异和遗传结构的分析,比较了两种分子标记在研究群体遗传多样性中的优越性。结果表明,SSR技术的多态信息含量以及有效等位基因数等遗传变异参数明显高于AFLP技术,但是,AFLP能够获得比SSR技术更高效的多态位点数检出率。AFLP标记主要检测的是核基因组编码区与非编码区DNA序列上的差异,而SSR标记主要检测的是基因组DNA非编码区重复数上的差异,实验的结果表明,两种分子标记都是研究斑点叉尾鮰种群多样性的有力工具。