基于生物信息学分析趋化因子CXCL10在脑胶质瘤中的表达及临床意义

来源 :广西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:huanyingchangmaoshou
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目的:脑胶质瘤是中枢神经系统中最常见的颅内原发性肿瘤,现有治疗手段疗效均不理想。CXC趋化因子亚家族与肿瘤的发生、发展相关。CXC基序趋化因子10(C-X-C motif chemokine 10,CXCL10)又称干扰素诱导蛋白(interferon-γ-inducible protein 10,IP-10),是CXC趋化因子亚家族中的一员,主要通过与受体结合后发挥功能,包括趋化作用、抑制血管生成和调节细胞生长和增殖等。CXCL10参与多种肿瘤的生长和转移,但在胶质瘤中的作用尚未见大样本报道。本课题通过生物信息学方法分析CXCL10在脑胶质瘤中的表达情况,探讨CXCL10对脑胶质瘤发生、发展与预后的影响,为临床精准治疗寻找新的分子靶点。材料与方法:从GEO数据库中下载人脑胶质瘤基因表达芯片GSE68848,分析CXC趋化因子亚家族在人脑胶质瘤和癌旁组织中的差异,筛选差异表达的趋化因子,经检索文献后选择CXCL10进行下一步研究。分别从中国脑胶质瘤基因组图谱(Chinese Glioma Genome Atlas,CGGA)数据库和癌症基因图谱计划(TCGA)数据库中纳入750例和664例脑胶质瘤样本,进行CXCL10 m RNA在不同类型胶质瘤中生物信息分析与临床相关性分析。利用基因本论(Gene ontology,GO)分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析推测CXCL10的相关生物学功能。进一步收集34例临床胶质瘤组织标本,应用Western Blot和免疫组化再一次验证其相关性。结果:1.与正常脑组织相比,CXC趋化因子亚家族中CXCL1 m RNA和CXCL14 m RNA在胶质瘤中表达显著下调,CXCL10 m RNA和CXCL16m RNA表达显著上调(P<0.001)。2.应用TIMER数据库分析发现与癌旁组织相比,CXCL10 m RNA在多种肿瘤中表达升高。3.应用CGGA和TCGA数据库分析显示,CXCL10 m RNA在胶质瘤中随着WHO分级的增高表达水平升高,WHO IV级胶质瘤中CXCL10 m RNA的表达水平最高,明显高于II、III级胶质瘤(P<0.01)。4.对比原发胶质瘤,CXCL10 m RNA在复发胶质瘤中表达水平明显升高(P<0.01)。5.对比IDH突变型胶质瘤,CXCL10 m RNA在IDH野生型胶质瘤中表达水平明显升高(P<0.01)。6.CXCL10 m RNA与胶质瘤患者预后呈负相关,CXCL10 m RNA高表达的患者总生存率(OS)明显低于低表达患者(P<0.05)。高CXCL10是影响胶质瘤患者预后的独立危险因素。7.在接受放疗或化疗的WHO IV级胶质瘤患者中,CXCL10 m RNA低表达患者OS明显优于高表达患者(P<0.05)。8.GO分析显示与CXCL10正相关的基因主要富集在T细胞活化、中性粒细胞活化、中性粒细胞介导的免疫等在生物学过程中;KEGG分析主要富集在NF-κB信号通路、Th17细胞分化和TNF信号通路等分子通路中。9.临床样本Western Blot及免疫组化检测结果与生物信息分析结果一致。结论:1.CXCL10 m RNA在多种肿瘤中表达上调,在胶质瘤中表达升高,且表达水平随着胶质瘤的恶性程度的增高而升高。2.CXCL10 m RNA高表达与胶质瘤患者不良预后相关,高CXCL10是影响患者预后的独立危险因素。
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