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Piwi-interacting RNAs （piRNAs）是一类在雄性生殖细胞中特异性表达的非编码小分子RNA,长度为26-31nt,通过与Argonaute蛋白家族中Piwi亚家族蛋白结合发挥沉默基因、维持生殖细胞的作用。目前对于piRNAs的研究主要集中在果蝇、小鼠等小型动物群体的生殖组织及其繁殖性状方面,而对大型哺乳动物研究则较少。所以,对猪睾丸组织中piRNAs分离鉴定及功能的研究是值得探讨的一个问题。本研究主要包含了180日龄大白猪睾丸组织的Solexa deep sequencing,数据分析及候选piRNAs的筛选,实时荧光定量PCR对piRNAs、miRNAs在猪睾丸组织不同时期差异表达的验证,半定量PCR对piRNAs在猪睾丸组织中特异性表达的验证,猪PIWIL1基因的测定及多态性分析,取得的研究结果如下：1.猪睾丸组织小分子RNA的Solexa deep sequencing与生物信息学数据分析提取3头180日龄大白猪睾丸组织总RNA等量混合送深圳华大公司进行Solex a deep sequencing,产生得到的数据9,533,729条,去除1,961,666条低质量的数据,再去除5’和3’接头及其他污染,最后得到6,913,561条高质量的数据,对4,527,258条数据进行了基因组定位（在NCBI genbank/Rfam database及华大公司的genome、repeat、exon、intron、miRNA、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、scRNA databases进行分析比对）,发现了237,590条总读数（792个单一读数）代表65猪上已证实的miRNAs,在其中14个miRNAs中发现74个SNP位点；发现了104个新的miRNAs,进行了二级结构预测及成熟序列的分析,其中47个通过与nirbase （http://w ww.mirbase.org/）的数据比对发现已经存在于其他物种中,预测其中95个miRNAs的466757个靶基因；利用piRNApredictor （http://59.79.168.90/piRNA/analysis.php）预测piRNAs并进行结果统计,通过与piRNA Database （http://pirnabank.ibab.ac.in/）数据进行比对并根据piRNAs长度、染色体特异分布等特性选取候选piRNAs。2.猪睾丸组织piRNAs、miRNAs的实时荧光定量PCR及半定量PCR验证采用茎环引物反转录的方法对候选的piRNAs与miRNAs进行克隆,成功的得到7个piRNAs和5个niRNAs的成熟序列,对这些piRNAs、miRNAs进行了实时定量荧光PCR的验证来检测它们在60日龄和180日龄大白猪和梅山猪睾丸组织中的差异表达,发现pi002142、pi 004234、pi021297、pi017724、pi0061545、pi004153、m00713p在大白猪与梅山猪60日龄和180日龄中均呈现上调表达趋势,pi021297、pi017724、pi004153、mi507、mi5085p、m01023p、m-00713p在60日龄的大白猪与梅山猪中表达量差异显著,pi0022572在180日龄的大白猪与梅山猪中表达量差异显著。通过半定量PCR发现7个piRNAs均在睾丸组织中高表达,且piR021297、piR017724是在睾丸组织中特异表达的。3.PIWIL1基因的测定及多态性分析根据已有的NCBI数据库中人和小鼠的PIWILl的序列与家猪EST数据库比对拼接,设计引物,扩增得到了一条长度为2376bp的猪PIWIL1基因序列,与人PIWIL1的序列比对相似性达91%。通过比较测序发现在第7外显子上发现一处T/C突变,运用PCR-RFLP在大白猪（476头）、中国瘦肉猪新品系DIV（131头）、皮特兰（33头）、杜洛克（29头）、白色杜洛克（31头）、梅山猪（20头）、淮南猪（26头）、通城猪（37头）共8个品种中进行基因型检测,并统计基因型和基因频率的分布情况,结果表明T等位基因为优势等位基因,T等位基因频率范围是0.73-1。多态性与繁殖性状进行关联分析,结果表明各种基因型繁殖性状差异均不显著,但CC型的繁殖性状有高于TT型与TC型的趋势。