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姬蕨属是碗蕨科数目较大的一个分支,存在着一些年代久远的标本,DNA破碎化严重,或除模式产地之外没有其他采集记录无法得到新的样本,PCR扩增基本也难以实现。加之其形态特征难以作为有效的分类依据,使得中国地区的姬蕨属内部系统发育问题一直较为混乱,其资源保护与开发利用工作也无法展开。因此本研究基于姬蕨属10个物种11个样本的叶绿体全基因组测序,对中国产姬蕨属进行系统发育和基因多样性的分析,以及形态学的比较分析,主要结论如下:1.姬蕨(Hypolepis punctata)叶绿体全基因组全长151,685 bp,共132个基因,包括蛋白质编码基因(CDS)89个,tRNA基因35个,rRNA基因8个。基因组总GC含量为42.5%,其中IR区的GC含量高于其他两个区域。在IR区的边界,高变异区域多位于非编码区,如基因间隔区psbM-petN,ndhC-trnV,petA-psbJ,ycf1-rps15,rps8-rpl14,编码区的ndhB基因是姬蕨属中高度变异的基因。2.通过叶绿体全基因组序列和编码区序列构建系统发育树,中国姬蕨属主要分为复合群(Hypolepis punctata-complex)和非复合群两大支。其中姬蕨复合群内部,无腺姬蕨(Hypolepis polypodioides)与狭叶姬蕨(Hypolepis tenera)和亚光姬蕨(Hypolepis glabrescence)聚为一支,姬蕨(H.punctata)与腺毛姬蕨(Hypolepis glandulosopilosa)聚为一支;非复合群部分,云南姬蕨(Hypolepis yunnanensis)与灰姬蕨(Hypolepis pallida)聚为一支,其余物种与此前发表的分类修订一致。至此,国产姬蕨属在系统学上应分为个6种单系物种,即姬蕨、无腺姬蕨、密毛姬蕨、灰姬蕨、台湾姬蕨和细叶姬蕨。3.形态学上的佐证:(1)腺毛姬蕨近似姬蕨,其植株大小和腺毛类型此前作为区分两个种的分类依据。此前认为腺毛姬蕨特有的三种腺毛类型(节状腺毛,短腺毛,单细胞腺毛),在姬蕨中也有发现。此外经测量二者的地上高度、叶长、羽片长和叶轴长发现两个种无差异显著性。腺毛姬蕨的模式标本采集峡谷溪边砂岩中,推测应为姬蕨的干旱类型植物,建议将腺毛姬蕨处理为姬蕨的异名。(2)特产于云南的狭叶姬蕨和亚光姬蕨近似于无腺姬蕨,都不具腺毛,只着生表皮毛。三者差异在于其裂片宽度,亚光姬蕨裂片宽4mm左右,狭叶姬蕨裂片宽不达2mm。实验结果显示,无腺姬蕨的裂片宽度变化范围包含亚光姬蕨和狭叶姬蕨的裂片宽度。因此,建议将狭叶姬蕨和亚光姬蕨处理为无腺姬蕨的异名。(3)云南姬蕨裂片全缘,孢子囊群有盖,且叶表面不具腺毛,与姬蕨差距较大,与灰姬蕨更加接近。