随着经济的快速增长，资源枯竭和环境恶化等问题日益凸显，中国发展表现出不平衡、不协调和不可持续。产业生态经济系统作为解决经济和生态之间矛盾的重要概念受到广泛关注。产业生态经济系统指各产业部门按照经济规律和生态规律组织的基于资源环境承载力、能够创造高效的经济价值及与之协调的生态价值的生态经济系统。评价我国产业生态经济系统绩效及优化其结构，有利于转变经济发展方式，实现我国产业生态经济系统的经济价值和生态价值高水平协同创造。　　本文在产业生态经济系统内涵和特征界定的基础上，提出产业生态经济系统绩效评价方法，包括三个部分:经济绩效、生态绩效以及综合绩效，并从水平和效率两个层面对其展开评价。首先，对产业生态经济系统绩效第一个层面——经济发展水平和生态化水平进行评价。其次，对产业生态经济系统绩效第二个层面——经济效率和生态效率进行评价，利用PCA将评价指标总结为5个，分别是“人力投入”、“资本投入”、“能耗-电耗”、“经济总量-结构”和“工业固废-废气”。针对资源利用指标，从经济和生态两个角度同时考虑时，构建DEA讨价还价模型，按照纳什讨价还价乘积最大化原则，计算经济效率和生态效率。最后，通过构建水平-效率矩阵，评价我国产业生态经济系统经济绩效和生态绩效，将它们分为5种类型，分别是理想型、投入增长型、效率驱动型、中间型和恶劣型。并从经济绩效和生态绩效协调发展角度，将产业生态经济系统综合绩效分为理想型协调、可改进型协调、潜在危机型、经济主导型冲突和生态主导型冲突5种类型。　　在上述绩效评价基础上，为进一步提高各地区产业生态经济系统绩效，需对产业生态经济系统的结构进行优化。本文将传统评价区域经济增长的偏离份额模型，运用于产业生态经济系统结构优化。优化包括两个方面:通过区域经济增长和能源消费偏离份额模型，得出综合考虑了两个角度的产业结构体系;通过区域污染物增长偏离份额模型，提出不同区域未来污染物治理的重点和方向。进而从结构、技术和制度三个层面提出了我国产业生态经济系统结构优化路径。