牧区经营体制改革，释放了牧民的生产积极性，极大的促进了牧区的经济发展。但是，随着制度效应的释放，畜牧业生产经营中的风险和弊端不断积累，牧业收入的可持续增长也面临困境。如何实现畜牧业生产的突破，专业合作经济组织被给予厚望。因此，研究牧区专业合作经济组织产生和发展的机理，探求牧区专业合作经济组织发展的一般模式，具有一定的理论和现实意义。本文在对专业合作经济组织的内涵进行准确界定的基础上，以交易费用理论和集体行动理论为工具，从需求和供给两个方面对牧区专业合作经济组织的产生和发展进行了解释，建立了专业合作经济组织分析的标准理论模型。接下来，以锡林郭勒盟为研究对象，总结了牧区专业合作经济组织发展的历史、现状以及存在的问题。在此基础上，进一步讨论了牧区专业合作经济组织产生和发展的现实逻辑，牧区专业合作经济组织在一定程度上是基层组织对国家政策的机会主义回应。从而导致的结果是，专业合作经济组织内部机制设计较为粗糙，而且形成了“中心——外围”型的产权结构，这些都为专业合作经济组织的可持续发展留下了隐患。为了解决牧区专业合作经济组织面临的激励不足的问题，本文基于剩余索取权和剩余控制权对等的原则，对牧区专业合作经济的内部运行机制进行了重构：按生产规模入股的融资机制、一人多票和多人一票相结合的决策机制、政府规制形成的基本构架。最后，对专业合作经济组织的发展提出了相应的对策和建议。