向海地区野鸟源禽副黏病毒分离鉴定及遗传进化分析

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禽副黏病毒(Avian paramyxovirus,APMV)在分类上属于副黏病毒科(Paramyxoviridae),副黏病毒亚科(Paramyxivirinae),禽副黏病毒属(Avulavirus),整个基因组长度约为15-16kb,基因结构为:3-NP-P-M-F-HN-L-5,依次编码核衣壳蛋白、磷蛋白、基质蛋白、融合蛋白、血凝素-神经氨酸酶蛋白。APMV根据血凝抑制试验(HI)和神经氨酸酶抑制试验(NI)可以分为9个血清型。  新城疫病毒(Newcastle Disease virus,NDV)是APMV-1的唯一成员,新城疫(Newcastle Disease,ND)给很多国家的家禽业带来了巨大的经济损失。野生鸟类中经常会分离到低致病性的NDV,但是对其分类、基因亚型和对家禽的潜在致病性却知之甚少,另外野生鸟类中还存在其他类型APMV。因此加强对野鸟APMV监测是十分必要的。  1.2012年春天向海地区野鸟源NDV分离鉴定。2012年春天从向海地区采集到139份健康野鸭咽拭子和泄殖腔拭子,分离到22株NDV,分离率15.8%,分别来自琵嘴鸭、鹊鸭、赤膀鸭和斑嘴鸭。对其F基因克隆、序列测定分析,结果表明,所有NDV分离株F基因ORF长度为1662bp,编码553个氨基酸,同源性98%-100%,遗传进化关系表明22株NDV分离株均属于ClassⅠ基因4型。F蛋白裂解位点处的氨基酸序列112ERQE/GRL117,具有典型弱毒特征,同我国江苏鸭源,美国鹅源及美国野生水禽源NDV毒株处于同一分支上。  2.一株ClassⅠShoveler/JL/374/2012毒株全基因测序。参考GenBank中发表的相关全基因组参考序列,设计了14对特异性引物,采用RT-PCR方法对分离株Shoveler/JL/374/2012全基因组进行扩增。克隆和序列测定,结果表明该分离株全基因组长度为15198bp,与GenBank上所公布的标准ClassⅠ毒株,DE-R49/99,JS10,9a3b等毒株的全基因组长度相同;比Losta,B1,Herts33等NDV毒株多12个碱基(TGGGAGACGGGG),位于P基因的编码区内。  3.禽副黏病毒6型的分离鉴定及F和HN基因的序列分析。2011年秋天从吉林省向海自然保护区采集的300份野鸭咽喉拭子和泄殖腔拭子中分离到18株APMV-6,通过RT-PCR方法,扩增了5株来源于不同宿主的APMV-6的F和HN基因。结果表明5株病毒的F基因长度均为1836bp,HN基因为2031bp;5株病毒F和HN基因同源性分别超过99%,且与TW分离株的同源性最高为98%;遗传进化分析表明5株病毒均属于ClassⅠ分支。
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