医保覆盖率的逐步全面化、老百姓生活水平的稳步提升,人民群众对健康的需求标准和期望上升,长期自主择医的看病方式造成大量患者涌向综合医院,三级医院看病拥堵,基层医疗机构病患较少,同时产生了群众就医难和大量医疗资源闲置的突出矛盾,“就医难、看病贵”的问题日益凸显,医患双方的态势趋于“高压”,使得社会和谐稳定遭受明显影响。分级诊疗制度是科学有序的就诊制度,它能够充分利用区域内的所有医疗资源,合理配置,减少资源浪费,逐步解决看病难的问题。国内分级诊疗制度试点工作已经开展,南京市分级诊疗已经取得初步进展。本研究以南京市分级诊疗制度为研究对象,首先通过文献研究法对分级诊疗制度的发展做整体把握；其次,对先进国家和地区的分级诊疗制度予以介绍,作为南京市分级诊疗制度寻找差距、完善设计的基础；第三,对南京市分级诊疗制度的不同历史阶段进行比较分析、并对南京市医保差异化支付、医疗联合体网状结构(基于Pajek软件)等政策的探索效果进行分析,找出目前南京市分级诊疗制度实施中存在的问题；第四,以南京市卫生局、南京市统计局相关统计数据为依据建立DEA模型,通过MaxDEA软件分析相关数据得出结果,评价分级诊疗制度实施中医疗资源下沉效果和利用率；最后,以供应链理论为基础,对比国内外先进经验,结合实证分析结果,找出制度瓶颈,提出完善南京市分级诊疗制度的相关建议。