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本研究利用磁珠杂交筛选和数据库检索两种方法开发了西施舌(Coelomactra antiquata)、魁蚶(Scapharca broughtonii)和光棘球海胆(Strongylocentrotus nudus)三种重要无脊椎动物的微卫星DNA标记。西施舌和魁蚶是我国重要的经济贝类,但是由于近年来过度开采、环境退化,其产量迅速减少。为了研究其遗传多样性和种群结构,制定合理有效的保护措施,本文利用磁珠杂交筛选法首次开发了西施舌和魁蚶的多态性微卫星标记。首先,采用常规苯酚氯仿法从闭壳肌中提取基因组DNA,经限制性内切酶Sau3AI酶切后,选取300-1000 bp大小的片段,用人工设计合成的生物素标记的寡核苷酸重复序列(CA)15作为探针与经过酶切后的基因组DNA进行杂交,杂交复合物固定到包被有链亲和素的磁珠上,经过一系列的洗涤过程,获得含有微卫星序列的DNA片段。再经过克隆和测序,根据SSR两端的保守区进一步用引物设计软件Primer Premier 5.0设计引物,开发多态性微卫星DNA标记,并利用40野生个体检测其多态性。在西施舌分离的9个微卫星位点,其等位基因数为2-28,期望杂合度为0.083-0.921;在魁蚶分离的12个微卫星位点,其等位基因数为2-22,期望杂合度在0.444-0.944。近年来国际公共数据库中表达序列标签(ESTs)呈指数增长,为遗传分析提供了丰富资源。本文利用生物信息学的方法,从美洲紫海胆(S.purpuratus)EST库中首次筛选出9对光棘球海胆EST-SSR。首先,用SSRHunter软件查找美洲紫海胆EST库中含有微卫星片段的DNA序列,选取其中的40条序列用Primer Premier 5.0在重复序列两端合适的位置上设计微卫星引物。合成的引物在光棘球海胆扩增,扩增产物经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,筛选特异性强、等位基因丰富的位点。本论文筛选出的9个光棘球海胆EST-SSR位点的等位基因数为2-13,观察杂合度和期望杂合度分别在0.000-0.645和0.063-0.912。