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由稻瘟病菌（Magnaporthe oryzae）引起的水稻稻瘟病(Rice blast disease)是一种世界性的水稻病害，一旦爆发所带来后果是毁灭性的。本研究利用rep-PCR技术和苗期接种实验，对台湾和福建两地稻瘟病群体的遗传结构以及致病性变化进行比较和研究。 本实验将2011年至2012年从福建与台湾各个稻区收集来的114个菌株，接种于CO39近等基因系以及LTH近等基因系品种上，调查发病情况。就单基因而言，有87.50％的台湾菌株和72.18%的福建菌株对携带抗性基因Pi3的品种有致病力，有15.09%的台湾菌株和18.33%的福建菌株对抗性基因Pi-km有致病力。总体上，两地菌株在CO39近等基因系上出现34个毒性类型，在LTH近等基因系上出现43个毒性类型，两地均有自己独有的毒性类型，表明两地稻瘟病菌的致病性存在很大差异。 由rep-PCR分析数据而言，无论是遗传距离（于0.936水平上）还是亲缘树形图都可以区分开大多数福建与台湾菌株，猜测与种植水稻品种为粳稻籼稻有关系。其次比较各地区的情况，51个台湾菌株在遗传距离0.38水平上将供试菌株分成8个遗传聚类组共分为41个单元型；66个福建菌株在遗传距离0.44水平上将供试菌株分成4个遗传聚类组43个单元型。不同聚类组间差异较大且无明显的规律性，因此推测两地的稻瘟病病菌的遗传变异明显。 利用PCR鉴定两地稻瘟病菌的交配型，结果显示台湾地区稻瘟病菌均属于MAT1-1，而福建地区稻瘟病菌多数属于MAT1-2（占总数的91.17%）。闽台两地由于海峡原因造成物理隔离，加上种植水稻的类型差异，可能是两地稻瘟病菌毒性和交配型差异明显的重要原因之一。 以上结果说明闽台两地稻瘟病菌致病性和群体遗传结构差异大。