罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）生长速度快、易养殖、适应性强、营养丰富,是我国重要的淡水养殖经济物种。传统育种项目仅将体重性状作为主要育种目标,却忽视了存活率、抗病力和不同形态阈值性状等可能影响体重性状的其他重要经济性状。而对这些性状进行遗传参数的准确估计是育种工作顺利开展的前提,传统的遗传评估方法通常是基于系谱信息估计单个性状育种值。而使用多性状模型估计育种值则可以考虑性状间的遗传相关,利用更多的信息,从而提高估计的准确性。随着分子标记技术的不断发展,一种新的标记辅助选育方法——基因组选择方法,在水产育种中被广泛使用,该方法可以进一步提高选择的准确性。本研究的主要目的为:构建单性状和多性状p BLUP、p BLUP-GG、ss GBLUP和ss GBLUP-MF模型,为准确地评估罗氏沼虾育种基础群体提供可借鉴的育种分析模型和评估方法;估计不同世代存活性状的遗传参数及其与收获体重的遗传相关;评估罗氏沼虾不同形态雌雄虾占比的选择潜力,以及改良性状后对罗氏沼虾的生长速率的影响。本研究的主要内容及结果如下:1.罗氏沼虾生长性状基因组遗传评估模型的预测能力分析本研究收集包括两个商业群体和两个野生群体作为奠基者群体,利用最佳遗传贡献法制定交配方案,生产家系,并对G2和G3世代家系亲本个体进行基因分型。利用p BLUP、包含遗传组的p BLUP-GG,ss GBLUP和包含Metafounders的ss GBLUP-MF等四种模型,比较了使用不同育种分析模型估计收获体重育种值的准确性和偏差。并针对收获体重和收获体长两个性状,比较了使用单性状和多性状育种分析模型估计收获体重育种值的准确性和偏差。单性状下不同模型的比较分析表明:复合SNP和系谱信息的一步基因组BLUP（ss GBLUP）模型能够有效的处理未知亲本组效应,可以更为准确的估计加性遗传方差。当使用多性状模型时,使用p BLUP、p BLUP-GG和ss GBLUP-MF模型分别使预测准确性提高了4.00%、3.70%和3.70%;偏差降低了1.43%、28.57%和19.84%。与单性状模型相比,使用多性状模型可以提高评估的准确性,降低预测的偏差。2.罗氏沼虾生长与存活性状的遗传相关分析本研究收集了国内罗氏沼虾核心育种群体4个世代116 700尾罗氏沼虾个体在较高养殖密度（10.65～14.39尾/m~2）下存活状态的记录和410尾个体的基因型信息,使用p BLUP和ss GBLUP方法,估计了罗氏沼虾四代存活性状的遗传参数。结果表明,罗氏沼虾不同世代存活性状的变异系数范围10.9%～27.3%,属于中高等的变异水平,表明对存活性状进行遗传改良具有较大潜力。从G0到G3的四个世代的遗传力估计值为低遗传力,范围在0.05±0.01到0.20±0.02。收获体重和存活性状之间的遗传相关性在G0、G2和G3世代为低度负相关（-0.02～-0.40）,在G1世代为低度正相关。这表明以生长为主的选择策略,可能会造成养殖存活率降低。3.罗氏沼虾雌雄虾生长与形态阈值性状的遗传相关分析本研究记录了罗氏沼虾核心育种群体两代（G3～G4）共计40 935尾个体的形态和体重信息,使用父母本育种分析模型和阈值统计模型估计不同形态罗氏沼虾（橙色螯、蓝色螯雄虾;性腺未发育、抱卵和已产卵雌虾）二分类（0和1）阈值性状在世代间和世代内的遗传参数,并使用两性状模型估计其与体重性状的遗传相关。方差组分估计结果表明,雄、雌虾不同形态阈值性状的遗传力估计值分别为0.08～0.12和0.04～0.22。雄虾橙色螯、蓝色螯形态阈值性状与收获体重间为低度正相关（0.01～0.43）。雌虾性腺未发育、抱卵和已产卵形态阈值性状和收获体重性状之间为中等程度相关（-0.61～0.53）。罗氏沼虾雌雄个体不同形态阈值性状存在可利用的加性遗传变异,具有较大的改良空间;选择橙色螯雄虾并增加其在育种群体中比例,可以提高其生长速度;选择性腺未发育雌虾并增加其在育种群体中的比例,可能会降低其生长速度。