2017年党的十九大报告中提出在经济转型阶段的我国,创新是引领发展的第一动力,要把提高全要素生产率作为目标,发挥政府调控经济的作用。政府补助和税收优惠是政府干预经济的主要手段,通常政府通过给予企业创新扶持达到促进企业发展的目标。那么政府的一系列措施是否发挥了作用,政府补助和税收优惠对企业全要素生产率的影响以及研发投入在这一影响机制中的作用如何,在我国分层次资本市场之间这一效果的差异如何,本文将针对以上问题进行研究。本文首先对政府财税优惠、研发投入与企业绩效之间相关关系的研究现状进行综述;然后运用相关理论,分析政府的财税优惠、研发投入与企业的经营绩效这三者之间的相关关系,在以上理论分析的基础上提出不同板块政府的财税优惠与研发投入对企业的全要素生产率影响的实证研究假设;其次,通过对2014~2016年新三板、创业板和主板的数据进行实证分析,得出研究结论:新三板和创业板企业的政府补助和税收优惠负向影响企业的全要素生产率,主板企业的政府补助和税收优惠与企业的全要素生产率没有显著的相关关系;三大板块企业的政府补助和税收优惠与企业研发投入都是显著正相关的,这说明政府的直接补助与政府的税收优惠促进了企业在研究开发方面的投入。新三板和创业板企业的研发投入在政府补助和税收优惠与企业全要素之间起到中介传导效应,而主板数据没有这个结论。根据实证结论,文章提出合理控制主板企业财税优惠的扶持力度、加大新三板和创业板扶持力度等建议。