香猪睾丸microRNA鉴定及生物学功能分析

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microRNA(miRNA)是一类重要的非编码小RNA,在靶基因转录后水平调控基因的表达,具有明显的阶段性和组织特异性,在动物各个发育阶段的生长发育和繁殖过程中起作用。香猪作为贵州地方猪品种的优秀代表,性成熟早,产仔数少,目前香猪的繁殖调控机理不完全清楚。本文采用组织学切片技术研究不同月龄香猪睾丸的显微结构,构建四个月龄香猪睾丸组织小RNA c DNA文库,通过HiSeq高通量测序技术,结合生物信息学分析,鉴定出香猪不同发育期miRNA的表达谱,分析差异表达的miRNA分子类型和结构,推测miRNA作用的靶基因和功能,选择6个差异表达的miRNA,研究在不同发育时期睾丸以及其它组织的表达量变化,获得的主要结果如下:1、香猪睾丸的发育特点是4月龄时可检测到成熟精子。2、利用HiSeq高通量测序技术,获得香猪2月龄、3月龄、7月龄和18月龄microRNA表达谱,每个表达谱的高质量micro RNA序列接近600万条。3、从2月龄香猪睾丸RNA文库中鉴定出254个已知miRNA和180个候选mi RNA;3月龄文库鉴定出251个已知mi RNA和176个候选miRNA;7月龄文库鉴定了227个已知miRNA和120个候选miRNA;18月龄文库鉴定215个已知mi RNA和100个候选miRNA。随机选择6个miRNA分子采用实时荧光定量PCR方法证实在相应月龄的睾丸组织中都有表达。4、找到1165种miRNA在四个时期睾丸文库中的表达量有显著差异,其中2月龄文库中有74个miRNA的表达量显著低于3月龄文库;2月龄文库miRNA的表达量显著高于7月龄文库和18月龄文库,分别有219个和224个miRNAs的表达量上调。3月龄文库miRNA的表达量显著高于7月龄文库和18月龄文库,分别有268个和272个miRNAs的表达量上调。7月龄文库miRNA的表达量显著高于18月龄文库,有21个miRNAs的表达量上调。2月龄香猪睾丸中的miRNA表达量最高,18月龄中的表达量最低。5、使用mirecord软件对10种差异表达的miRNA的靶基因进行预测,共得到1953个靶基因,经KEGG Pathway分析,这些靶基因可能参与香猪睾丸的发育和精子的发生过程。6、经实时定量RT-PCR检测,6个mi RNAs在不同发育时期的睾丸组织中均表达,总体趋势是,随着香猪睾丸从1月龄增加到7月龄,Let-7a-5p和miR-10的表达量先升高后下降;mi R-202表达量的逐渐降低;mi R-200b表达量先下降后上升;miR-145-5p与miR-199a-3p的表达量没有明显规律。本文对香猪不同月龄睾丸组织中差异表达的miRNA进行了系统的研究,有助于解析香猪睾丸发育的分子调控机制。
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