农业是国民的经济基础，目前我国开始全面实施农业产业化的发展模式，推动传统农业向现代农业转变的新局面。我国的农民群体占国民总数的百分之五十左右，农民收入的提高能缩小收入差距，缓解贫富分化。我国广大农村地区仍然处于资金缺失严重的境地，资金的供求关系极不平衡，在很大程度上不利于农村地区经济的良性循环，结合实际情况来研究与分析农村金融机构的全要素生产率对于促进我国农村金融机构良好发展，更好地建设社会主义新农村，解决三农问题有着重大的理论意义和实践意义。研究农村金融机构的全要素生产率对于促进农村金融机构的发展，提高农村金融机构的生产效率很有必要。本文先介绍农村金融机构的定义、发展以及特点，并对全要素生产率的相关理论、几何分解以及测度方法进行了较为详细的阐述。接下来，对选取的数据包络分析法、投入指标和产出指标的选择作了详细分析，并对样本农村金融机构进行了简要介绍，对研究数据做了简要的统计描述。在实证部分，本文从政策性金融、商业性金融、合作性金融的角度研究了18家农村金融机构2006年～2012年期间的全要素生产率，在对比了三类农村金融机构的整体发展趋势后，详细分解了全要素生产率以进一步研究影响全要素生产率变化因素的主要来源是纯技术效率、规模效率抑或是技术变化。研究发现：一、研究期内的全要素生产率均值呈现缓慢上升趋势；二、论文研究的三类农村金融机构中，政策性和商业性金融机构的全要素生产率得分相对低一些，而合作性金融机构中资产规模相对小型的金融机构，全要素生产率得分表现最为良好；三、技术进步变动和规模效率是影响中国农业发展银行全要素生产率得分较低的原因，规模效率是影响中国农业银行全要素生产率得分较低的主要原因。最后，结合理论与实证结果对我国几种不同类型的农村金融机构分别提出相关政策建议。