长三角经济一体化是要在区域分工与协作的基础上，推动区域经济整体、协调地发展，各级政府为此开展了许多协调工作，但各个行政区域间仍然存在着地方保护、产业重构、公共设施混乱等问题，阻碍着一体化的进程，被称为“行政性障碍”。 其原因在于地方政府的“理性人”冲动引起区域发展的非理性后果，这个后果的大小与地方政府的权力和政府“越位”干预市场的程度有关，而干预市场的动因是现行的绩效考核制度，干预市场的可能性在于市场经济还不够完善，政府与市场的关系还没有理清，最后一点是根本原因，也急需解决。 国外的行业协会等中介组织在市场经济的完善和区域协调中发挥了很大的作用。作为重要中介组织的跨区域行会在长三角的发展中有所组建并发挥了一定的作用，但对克服“行政性障碍”的意义还不大。对此，可以从“区域行业标准取代地方障碍性标准”、“整合区域产业资源减少产业同构”、“参与决策促进一体化”等方面进一步发挥跨区域行会的作用。 另一方面，从社会转型和政府转型角度看，也需要形成“政府一一行会——企业”的三元格局；现实中的领导也逐步意识到行会等组织的重要性。这些有利于跨区域行会的成立与作用的发挥，以尽可能地减少“行政性障碍”。