我国新的一轮公立医院改革正在实施，公立医院在新的发展时期需要提供优质的公共服务产品，充分体现公立医院的公益性，还需要充分地融入到市场竞争中，保持正常的经济活动，这就要求公立医院在加强各项业务能力，硬件设施的同时，还必须加强内部控制、内部监督和自身管理。内部审计是为了适应社会经济的发展需要而产生的内部管理控制手段，是为了适应企业管理体制的改革和提高经济效益的需要而发展的，具有监督、管理控制、风险控制、鉴证评价、服务等职能；内部审计是建立和健全内部控制的有效手段，为经济决策、内部管理、风险预警、提高效益、建立有效的监督机制提供了有益的支持。近年来，全国卫生系统的内部审计工作从无到有，逐步发展，不仅规范了经济活动，有效防范和打击了经济违规违法违纪行为，还提高了卫生事业资金的使用效益，完善了卫生机构的管理体制，有力地推进和保障了卫生事业的健康发展。全国卫生系统的内审工作在内审体系、工作制度、组织方式、工作领域、思想理念、工作方法、队伍建设等方面都取得了很大的进步，内部审计在公立医院管理中的作用日益突出，得到了普遍重视。本文运用文献法、比较法、问卷调查法和实地调查研究等研究方法，从公立医院建立内部审计机制的必要性和重要性、公立医院内部审计的转型、公立医院内部审计的职能范围、公立医院内部审计的内容和重点、公立医院内部审计的地位及作用以及公立医院内审存在的问题及成因等方面，并结合云南省公立医院内部审计工作的现状，揭示出公立医院内部审计存在的制度机制不健全、审计人员整体素质差、审计独立性不强、审计效果不佳、审计地位不高等问题。再通过对比各地公立医院内部审计的典型经验，提出改变公立医院内部审计现状的一些建议。医院应建立完善内部审计制度和内部监督机制，重视内部审计在内部控制管理中的重要作用，跳出传统财务收支审计，更多关注医院在内部控制中存在的漏洞，提出风险预警，完善内部管理；卫生主管部门应由上到下加强内部审计机制建立、多方面提升审计人员工作水平、强化审计的独立监督、提升成果运用和加大硬件投入，不断营造良好的内部审计工作开展环境。通过对云南省公立医院内部审计的研究，我们可以看到，经济越发展审计就越重要，内部审计不仅起到了日常监管的作用，更起到了免疫系统的功能。