小麦品种群体粒形和粒重的鉴定与全基因组关联分析

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小麦(Triticum aestivum L.,AABBDD)是世界和我国重要的口粮作物。在小麦需求增速快于产量增速的现状下,提高小麦单产至关重要。千粒重(Thousand Grains Weight,TGW)是小麦产量三因素之一,主要由籽粒大小等粒形因素控制。小麦粒形性状包括粒长(Grain Length,GL)、粒宽(Grain Width,GW)、粒厚(Grain Thickness,GT)等。本研究以小麦品种群体为材料,基于课题组已开发的SNP标记,对千粒重(TGW)、粒长(GL)、粒宽(GW)、粒厚(GT)等性状进行全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS),以获取与籽粒粒形和粒重性状相关的标记位点,并预测其候选基因。(1)小麦品种群体粒形和粒重的鉴定。对272份小麦品种(系)进行了千粒重、粒长、粒宽、粒厚、长宽比、长厚比和宽厚比等7个粒形和粒重性状的鉴定。表型变异分析表明,各性状表现较大的变异,平均变异系数为4.82%,千粒重变异最大(19.17%),粒长变异最小(2.35%)。7个性状的遗传力均较大,平均遗传力为54.10%,最大为79.7%(节水处理下的粒长),最小为33.3%(正常水浇下的粒宽)。相关性分析表明,粒重与粒长、粒宽、粒厚、宽厚比之间呈极显著/显著正相关,对千粒重的影响由大到小为粒宽>粒厚>粒长>宽厚比。272份小麦材料中筛选出千粒重、粒长、粒宽、粒厚性状高于济麦22的品种分别为109、146、173、73个;272份小麦材料中筛选出长宽比、长厚比、宽厚比性状低于济麦22的品种分别为154、92、40个。(2)小麦品种群体粒形和粒重的全基因组关联分析。全基因组关联分析共检测到与小麦粒形和粒重稳定显著关联的标记460个,分布在全部21条染色体上,可解释表型变异的4.69%~21.39%。其中,检测到与千粒重、粒长、粒宽、粒厚、长宽比、长厚比、宽厚比显著关联的标记分别为32、154、13、26、125、94和16个。检测到S_008446等16个标记同时与至少三个性状显著关联,为多效性标记。(3)粒形和粒重候选基因的预测。对所获得的稳定显著SNP标记进行中国春基因组注释分析,鉴定出粒形和粒重候选基因6个,分别为:Traes CS1A02G407700(丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶)、Traes CS1A02G415300(有丝分裂原激活的蛋白激酶)、Traes CS1A02G402400(有丝分裂原激活的蛋白激酶)、Traes CS4B02G044600(含植物花青素结构域的蛋白质)、Traes CS7A02G416400(辅酶反应因子)和Traes CS5B02G53830(含黄素单加氧酶YUCCA11)。
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