小麦(Triticum aestivum L,2n=6x=42,AABBDD)是我国重要的粮食作物,自上世纪90年代中国已成为最大的小麦生产国。自1949年到2000年,我国育成推广了2000多个栽培品种,其中包括19个骨干亲本。为了解小麦品种选育过程中染色体结构的变化特点,本研究利用基于小麦重复序列开发的寡核苷酸探针套(pAs1-1,pAs1-3,pAs1-4,pAs1-6,AFA-3,AFA-4,pSc119.2-1 和(GAA)10),通过一次 FISH(Fluorescence in situ hybridization)对373个栽培小麦品种和中国春进行分析,以中国春的42条染色体作为参照,研究373个栽培品种的染色体结构变异,并分析染色体的多态性。研究发现,在373个栽培小麦品种中,共有148(39.7%)个品种存在染色体结构变异,含有14种染色体结构变异类型,包括3种简单易位(简称为T),8种染色体相互易位(RT),1种倒位(perInv),以及2种同时包含缺失和易位的复杂类型(del/T),其中5种结构变异类型可以追溯到8个骨干亲本,其中的4种类型分布在3个以上的大面积推广品种中。57个品种含有perInv 6B,源于意大利小麦阿夫、阿勃和我国的繁六等骨干亲本,47个品种含有T 1RS·1BL,源于洛夫林系列,31个品种含有RT 4AS·4AL-1DS/1DL·1DS-4AL,来源于蚂蚱麦和碧蚂4号,以及3个品种含有RT 1RS·7DL/7DS·1BL,来自矮孟牛。另外有3种易位类型均出现在2个品种以上,均为染色体相互易位,包括4A和1B之间的易位,2A和5B之间的易位,以及1D和4D之间的易位,其余7种结构变异类型都只发生在一个品种中。除了上述的染色体结构变异,本研究还通过FISH分析鉴定了 167种染色体多态类型,其中59种block(分布在染色体上特异的寡核苷酸探针信号组合)可以追溯到1种甚至更多的骨干亲本。部分block频率较高,表明这些block在育种进程中具有选择优势。根据染色体结构变异和block类型,对所有的栽培品种包括中国春进行聚类分析,将品种分为4个类群,并进一步细分为15个亚类群,多数具有共同染色体特征的品种存在于同一个亚类群。百萨偃麦草(Thinopyrum bessarabicum Love,2n=2x=14,JJ)具有耐盐和兼抗多种麦类病害的特点,是小麦改良的重要基因资源。前人通过ph1b诱导,辐射诱变等方法,产生了一系列小麦-百萨偃麦草6J染色体易位系。综合寡核苷酸探针套FISH/基因组GISH对这些结构变异体进行了分析,共鉴定出35种不同类型的结构变异体,包括2种纯合整臂易位、7种纯合小片段易位(包括1种中间插入易位)、3种纯合大片段易位、4种纯合顶端大片段缺失、2种纯合端体、1种杂合小片段易位、1种杂合大片段易位、2种杂合顶端大片段缺失、3种杂合端体、1种杂合整臂易位以及9种复杂易位系,为进一步发掘、定位、转移和利用百萨偃麦草6J染色体有利基因提供了新的资源。