国家级农业科研单位的使命是提高农业科研水平,推动农业科技进步,促进农业农村经济发展,而科研水平的发挥、农业科技的创新受国家级农业科研单位的绩效管理水平的直接影响。2011年,我国开始推行绩效预算改革,提高公共部门管理效率。国家级农业科研单位在农业科研领域具有关键地位,亟需优化绩效管理体系,提高管理效率。在这样的背景下,研究国家级农业科研机构的绩效预算路径设计,进行绩效预算实证研究,有着重要的实际意义。本文分析了国家级农业科研单位的管理情况,运用绩效预算基础理论,借鉴西方发达国家的绩效预算实践经验,提出了国家级农业科研单位实施绩效预算的路径；运用平衡计分卡方法和层次分析法,构建一套绩效评价指标体系,进行了实证研究。本研究的结论：1、国家级农业科研单位在管理上还具有较大的提升空间。在科研经费管理方而,还存在有较大的财政缺口,竞争性经费占比较大,预算过程透明度有待提高,预算目的性有待加强等情况。在人力资源管理方而,人才结构有待完善,激励和评议制度有待完善。科技管理方而,有待建立系统的战略管理机制,科技成果转化率有待提高。实施绩效预算有助于改善这些问题。2、国家级农业科研单位的绩效预算实践路径。国家级农业科研单位的绩效预算实践要渐进推行,首先,要做好基础准备工作,如成立跨部门的绩效预算领导小组、培育绩效意识、制定相关规章制度、建立全而的信息化管理系统等,然后从绩效目标管理着手,以设计科学的绩效评价体系为突破点,为全而开展绩效预算管理搭建平台,再以此为基础确定绩效运行监控的重点,探索绩效评价结果的应用,根据绩效评价结果完善绩效预算管理。3、中国农业科学院的平衡计分卡指标体系。可以使用平衡计分卡,从四个角度,即社会效益角度、科研水平角度、内部流程角度、基础建设角度,描述中国农业科学院的价值创造过程,衡量中国农业科学院的绩效水平,这四个角度以及扩展出的战略目标和衡量目标即组成中国农业科学院的平衡计分卡指标体系。4、平衡计分卡指标体系的权重。指标体系中,人才队伍建设、人才管理机制和科研团队组成的“人才”战略主题得到的权重值较高,A层指标中,科研水平角度和社会效益角度得到的权重值较高。政策建议：国家级农业科研单位应把握改革机遇积极推行绩效预算；结合绩效目标管理促进战略规划的实现；“以人为本”建立绩效预算管理系统。展望：本研究设计的平衡计分卡指标体系可以推广到省级农业科研单位及其它学科科研机构；可以利用绩效预算逐步展开后得到的实践数据确定指标权重。本研究的创新点：第一,将绩效预算理论与国家级农业科研单位的实际管理情况相结合,提出了一条优化国家级农业科研单位绩效预算的路径；第二,以绩效评价实施为突破点,使用平衡计分卡方法,为中国农业科学院设计出一套以战略为中心、评价全而的绩效评价指标体系,并使用层次分析法确定了指标权重。