奶白菜紫叶柄基因的精细定位

来源 :沈阳农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wrx5428167
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奶白菜(Brassica campestris ssp.chinensis L.)是我国华南地区主栽的小白菜品种,叶色深绿、叶柄嫩白、绵甜可口,深受消费者的欢迎,近年来其他地区广泛引种。引到北方种植的奶白菜品种,苗期群体内经常出现一些紫叶柄植株,影响到品种的整齐性。研究表明,奶白菜的紫叶柄性状是叶柄中花青素积累的结果。本研究利用稳定遗传的绿叶柄奶白菜自交系(K6)与紫叶柄奶白菜自交系(K19)杂交,构建F1、F2和BC1群体,在对紫叶柄性状的遗传特性进行分析鉴定的基础上,利用大规模F2分离群体,采用BSR-Seq和SSR方法,对紫叶柄基因进行了精细定位,主要研究结果如下。1.紫叶柄性状的遗传特性基于杂交亲本K6和K19,及其F1、F2和BC1群体苗期叶柄颜色鉴定结果,证明供试的奶白菜紫叶柄性状受显性核基因Ps控制,K6的基因型为psps,K19基因型PsPs。2.基于BSR-Seq技术的奶白菜紫叶柄基因初步定位选取F2分离群体中紫叶柄和绿叶柄表型的植株各50株,提取总RNA构建极端表型池,进行BSR分析。通过测序获得紫叶柄与绿叶柄植株在转录层次上的序列变异,确定紫叶柄性状相关SNP位点,将紫叶柄性状控制基因初步定位到A07染色体上19.9cM-26.1cM区间。3.基于SSR连锁标记分析的奶白菜紫叶柄基因精细定位基于BSR测序结果,在定位区域开发设计SSR标记引物,经过多次筛选与鉴定,将紫叶柄基因定位到A07染色体SSRL2和SSRL8两个标记之间,物理距离51.9kb。参考白菜基因组信息,在定位区段内共有9个基因。结合BSR-Seq分析检测到BraA07003126为定位区间内的差异表达基因,因此,预测其为Ps的候选基因。4.候选基因克隆及表达分析对候选基因进行全长克隆测序,发现紫叶柄奶白菜自交系K19在BraA07003126第一个外显子上有一个T-C的SNP突变,导致遗传密码发生错意突变,使蛋白质氨基酸序列由苯丙氨酸变成了丝氨酸。对BraA07003126进行表达分析,发现其在野生型材料(K6)中的表达水平显著高于突变体材料(K19),在K6不同发育阶段的叶柄中的表达水平无明显差异,在K19不同发育阶段的叶柄中表达水平不同,抽薹期最高,苗期最低。
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