鸭沙门菌病和鸭大肠杆菌病是已成为威胁养鸭业的两个重要细菌病。由于抗生素的不合理使用导致耐药性严重,药物治疗效果不理想,研制有效的疫苗预防越来越受到重视。本研究在原有鸭沙门菌和鸭大肠杆菌融合菌基础上,制备融合菌株SD₅蜂胶灭活疫苗和亲本沙门菌S₇、大肠杆菌D₂二联蜂胶灭活疫苗,免疫雏鸭后,测定其免疫保护率、血清抗体效价、IL-4和IFN-γ水平、淋巴细胞增殖活性和白细胞吞噬活性,并对两者结果进行比较,综合评价SD₅苗的免疫效果。对SD₅、S₇和D₂进行转录组测序,筛选出差异表达基因,分析SD₅基因表达特点。研究结果如下:SD₅苗对S₇和D₂保护率分别为70%、90%,二联苗保护率分别为80%、70%;SD₅苗能诱导机体产生抗S₇和抗D₂的两种抗体,效价消长规律与二联苗基本相同,免疫3 d后便能检测到抗体,7 d抗体水平与对照组有明显差异（P<0.01）,二免血清效价升高更为显著。淋巴细胞增殖活性、白细胞吞噬活性和IL-4、IFN-γ水平均显著高于对照组（P<0.01）,与二联苗相比无明显组间差异。完成对SD₅、S₇和D₂的转录组测序,发现SD₅和S₇存在1200个DEGs,其中上调基因431个,下调基因769个,SD₅和D₂存在952个DEGs,其中364个上调,588个下调。差异基因GO富集分析发现,SD₅和S₇差异基因中有964个注释到GO数据库,涉及2070个GO功能条目,其中有20条GO功能条目显著富集;SD₅和D₂差异基因中有751个注释到GO数据库,共涉及2053个GO功能条目,显著富集的GO功能条目为生物质量的调节。差异基因KEGG富集分析发现,SD₅和S₇差异基因分布在92条KEGG通路中,显著富集的通路包括鞭毛组装、核糖体、丁酸代谢、丙酸代谢、碳代谢;SD₅和D₂差异基因分布在93条KEGG通路中,未出现显著富集的通路。随机选取四个差异表达基因进行qRT-PCR验证,结果与RNA-seq的数据相似,证明了后者的可靠性。