农村土地承包经营权的流转是为了适应农业现代化,将原来原始化、细碎化的小农经营模式向适度的规模经营发展的一个必然趋势。但它又是建立在以家庭土地承包经营为基础,实行统分结合的双层经营模式的基础之上。这种基本的经营模式,是党制定农村一切经济政策的基石。鉴于目前农村政治、经济的生态环境状况,因此,在农村土地承包经营权流转中如何保护农民的利益,就是一个值得研究的问题。为此,党和政府建立了一些试验区,通过这些试验区的经验总结,充分认识农村土地承包经营权流转的必然性以及在此流转过程中农民权益保护的重要性,为规范农村土地承包经营权流转机制和健全农村土地承包经营权流转法律制度及相应的农村配套社会保障设施奠定基础,有利于农民权益保障制度的建立和完善。本文以经济法学基础理论为基础并辅之以经济学理论,分析农村土地承包经营权流转以及在此流转机制中农民权益保障的基本理论,为进一步地从多方面多层次地保障农民权益进行理论探讨奠定理论基础。通过国外保护农民权益制度的比较分析,可以看出我国与外国的差异,他山之石可以攻玉,从中外制度差异中找到解决问题的途径,即市场机制、国家调控机制和民间服务机制以及三者的相互制衡和协调(以下简称“三机制”)。以文献研究和案例研究的形式对成渝地区试验区模式和浙江试验区模式进行了对比研究,分析两者的异同,了解农户农村承包经营权流转意愿及其影响因素、农村土地承包经营权流转市场运行机制和相关的法律法规的保障制度,对农村土地承包经营权流转过程中的农民权益保障所涉及的相关利害关系人进行分析,以此探究在这些试验区中“三机制”的建立及其相互协调的情况。同时,结合湖北省农村土地承包经营权流转的现状及主要原因和现行有关农村土地承包经营权流转的法律制度,理论研究和实证研究等内容,进而分析现行法律存在的不足以及制约农村土地流转市场的障碍。在上述基础上完善我国农村土地流转过程中农民权益保障法律制度,以期为我国农村土地流转中农民权益保障的实践提供参考和借鉴,从立法、执法和法律监督等环节逐步改变农民“低国民待遇”的地位,保护农民的合法利益。