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本文通过对2004年和2005年流感调查分离到的14株H9N2亚型猪流感病毒进行病毒HA基因序列测定与分析，研究了我国现存流行的H9N2亚型猪流感病毒变异状况，然后挑选同源性较高的一株病毒，将其HA基因克隆到PCAGG真核表达载体上，构建基因疫苗，进行体外表达试验，然后将基因疫苗免疫BALB/C小鼠，检测小鼠抗体生成情况及攻毒后保护情况。首先将分离到的14株病毒进行纯化，增殖后提取病毒RNA。在通用引物作用下37℃水浴进行反转录，扩增病毒的cDNA，再在以Oligo6.0软件设计的H9N2SIVHA基因片段特异PCR引物作用下，用高保真聚合酶经PCR扩增出病毒HA基因，将HA基因克隆到pMD18-T载体上，然后进行序列测定，将测得的序列用DNAStar软件中的Seqman拼接所有序列，应用MegAlign进行同源性比较和进化分析。根据比较结果，选择A/Swine/Zhejiang/1/04(H9N2)毒株，将其HA基因克隆到pMD18-T载体上，进行PCR鉴定、酶切鉴定，挑选HA基因正向克隆到pMD18-T载体上的阳性质粒，然后采用SacⅠ、SphⅠ两种限制性内切酶，酶切处理pMD18-T/HA阳性质粒，胶回收备用；同样用SacⅠ、SphⅠ两种限制性内切酶，酶切处理PCAGG载体，胶回收备用；然后将均经过酶切处理的载体、HA基因用T4DNA连接酶进行连接，将连接产物转入JM109大肠杆菌感受态细胞中，涂板，筛选阳性菌落。将筛选的疑似阳性进行PCR鉴定、多酶切鉴定(一般选择三种或三种以上限制性内切酶进行酶切鉴定)，将PCR鉴定、多酶切鉴定正确的菌液，用eppendorf转染质粒提取试剂盒提取转染质粒；之后将转染质粒与脂质体经OPTi-MEM(R)Ⅰ稀释后按一定比例混合，转入293T细胞，待48h后，收获细胞，进行处理，用质粒转染后48h的293T细胞、正常293T细胞裂解后制备的样品进行SDS-PAGE电泳，之后转移到硝酸纤维素(NC)膜上用H9亚型禽流感病毒特异性多克隆血清做为一抗，、碱性磷酸酶标记的羊抗鸡IgG为二抗，进行Westernblot检测构建质粒所表达的HA基因蛋白。通过Westernblot检测，证明所构建质粒能很好表达HA基因蛋白，然后大量提取质粒，将质粒按不同剂量(10μg、100μg)，免疫BALB/C小鼠，初免三周后加强免疫一次，采取免疫前，免疫后第三周(加强免疫前)、加强免疫后两周、攻毒后第6d的小鼠血清，采用HI试验检测抗体水平；攻毒后6d、9d、12d各剖杀1/3小鼠，采集小鼠肺脏，研磨处理后进行病毒滴定，检测疫苗保护情况。疫苗免疫结果表明，100μg剂量初免后三周加强免疫一次，可保护小鼠受同源病毒的攻击。