2009年南通外贸货物吞吐量达3130.61万吨,南通口岸进出国际航行船舶5257艘次,都创历史新高。南通口岸目前已有11个港区72座对外开放码头,分布于南通沿海226公里,沿江210公里的岸线之中,这给南通出入境检验检疫局的全过程、全天候、全方位的监管造成了困难。南通外轮理货公司作为第三方公正机构,具有全天候、全覆盖、零距离的工作特点,可以弥补南通检验检疫局的监管不足。文章首先介绍了检验检疫和外轮理货的有关概念和基本理论,然后从进口木质包装、出口垫木、船方违法排放废水、废油和集装箱箱内空气检测为例,分析了南通检验检疫局监管存在的不足,进而提出与南通外轮理货公司进行监管合作的模式。第二,从南通检验检疫局与南通外轮理货公司现有的合作模式,监管合作后形成新的合作模式以及如何发挥各自优势,完善口岸检验检疫监管提出了具体措施。第三,运用定量分析方法,对南通港吞吐量进行了预测。最后得出结论,两单位监管合作对南通口岸检验检疫监管能起到重要作用。