【摘 要】
：
我国是养猪大国,目前地方猪种资源已占世界猪种资源的三分之一,目前在贵州的地方猪品种主要有香猪、江口萝卜猪、糯谷猪、柯乐猪、关岭猪等,其中香猪具有抗病力强、胆固醇含量低、肉质好、味道鲜美等优点,是贵州地区优良的猪种之一,但目前贵州香猪主要面临的问题是个体生长较慢、产仔数较低,因此阻碍了贵州香猪养殖业的规模化发展。针对以上问题,本文在已有的香猪的全基因组重测序数据的基础上,从香猪基因组中检测到十个结构
【基金项目】
：
国家高技术研究发展计划（863计划）课题（2013AA102503）； 国家自然科学基金（31960641,31672390）； 贵州省“百”层次创新型人才培养项目（黔科合人才（2016）4012号）； 贵州省主要畜禽基因组大数据分析与应用研究科技创新人才团队（黔科合平台人才[2019
论文部分内容阅读
我国是养猪大国,目前地方猪种资源已占世界猪种资源的三分之一,目前在贵州的地方猪品种主要有香猪、江口萝卜猪、糯谷猪、柯乐猪、关岭猪等,其中香猪具有抗病力强、胆固醇含量低、肉质好、味道鲜美等优点,是贵州地区优良的猪种之一,但目前贵州香猪主要面临的问题是个体生长较慢、产仔数较低,因此阻碍了贵州香猪养殖业的规模化发展。针对以上问题,本文在已有的香猪的全基因组重测序数据的基础上,从香猪基因组中检测到十个结构变异（Structural Variation,SV）位点,均处于与香猪生长、繁殖相关的数量性状基因座（Quantitative Trait Locus,QTL）中。本研究以贵州香猪为研究对象,选择107头低产香猪,98头高产香猪,112头母猪,233头断奶猪仔,并每隔15天对233头断奶猪仔的体重和体尺变化情况进行记录与分析,利用PCR检测方法对550头香猪进行群体研究并进行基因分型,结合所收集的每隔15 d的平均日增重数据、150 d日龄时的体尺数据、以及初生重、初生窝重、断奶窝重和乳头数进行关联分析,目的在于发现基因组中结构变异的多态性分布及其对基因表达的影响,以期为发现合适的分子标记对贵州香猪进行优良品种的选育,从而提高香猪的生长繁殖性能。基因分型显示,在结构变异IL1RAPL2-I1-sv1004,SMAD5-I4-sv315,MSH4-I6-sv313,MAPK10-I8-sv273中,D等位基因频率高于I等位基因频率,在结构变异MEF2C-I1-sv71,CD53-I3-sv264,AKT3-I2-sv282,GSK3B-I11-sv449,IGF2BP3-I3-sv318,INO80-I14-sv308中,I等位基因频率高于D等位基因频率,多态性分析结果显示,十个结构变异中均存在多态性和遗传多样性。基因分型与繁殖性状的关联分析显示,在高低产香猪群体之间,结构变异IGF2BP3-I3-sv318差异极显著（P<0.01）,结构变异MEF2C-I1-sv71、CD53-I3-sv264、MAPK10-I8-sv273、AKT3-I2-sv282、INO80-I14-sv308差异显著（P<0.05）,结构变异IL1RAPL2-I1-sv1004、SMAD5-I4-sv315、MSH4-I6-sv313、GSK3B-I11-sv449差异不显著（P>0.05）。结构变异MEF2C-I1-sv71在个体的初生重之间存在明显差异;结构变异SMAD5-I4-sv315在个体的初生窝重和断奶窝重之间存在明显差异;结构变异MSH4-I6-sv313在个体的断奶窝重之间存在明显差异,在其他结构变异中,三种基因型个体之间无明显差异。基因分型和生长性状关联分析的结果显示,10个结构变异分别与不同发育阶段的平均日增重显著相关;IL1RAPL2-I1-sv1004与个体体长、体宽关联;SMAD5-I4-sv315、MSH4-I6-sv313、MAPK10-I8-sv273与体高显著关联,MEF2C-I1-sv71与胸围关联;AKT3-I2-sv282与体长关联;IGF2BP3-I3-sv318和INO80-I14-sv308与管围关联;CD53-I3-sv264和GSK3B-I11-sv449三种基因型在个体之间无明显差异。结合上述PCR分型及数据分析结果,利用GBLUP育种模型,获得平均日增重、产仔数性状的个体育种值,对育种结果进行整理分析,筛选出IL1RAPL2-I1-sv1004、CD53-I3-sv264、SMAD5-I4-sv315、MSH4-I6-sv313、MAPK10-I8-sv273、MEF2C-I1-sv71、AKT3-I2-sv282、IGF2BP3-I3-sv318、INO80-I14-sv308九个结构变异可作为生长繁殖性状选育的相关分子标记,根据实验结果挑选出综合结果较好的香猪,于贵州省清镇市大山地生态养殖有限责任公司进行下一步培养并持续跟踪其生长状况,本文通过探究这十个结构变异是否影响香猪的生长繁殖,所得结果为香猪生长发育的分子标记辅助选择提供参考数据,以期为香猪的生长繁殖调控提供技术支持。
其他文献
背膘厚是动物背部皮下脂肪的厚度,用于评价猪肉品质和胴体质量,同时还与屠宰率、饲料利用率密切相关;lnc RNA在猪脂肪细胞分化以及脂肪沉积等生物学过程中发挥着重要作用,其可能通过影响猪脂肪沉积从而影响猪背膘厚。本试验对健康柯乐猪进行屠宰测定后,将其分为高、低背膘厚2个组,采集各组柯乐猪皮下脂肪组织用于RNA-seq研究,对差异表达lnc RNA进行生物信息分析,挖掘背膘厚相关lnc RNA进行q
城市演变规律及其景观格局的变化趋势研究,是城市可持续发展研究领域的重要内容。随着城市化发展,城市景观格局发生改变,进而对城市景观生态服务产生重要影响。近年来,随着贵阳市社会经济快速发展及生态文明示范城市建设,贵阳市景观格局发生剧烈变化,对生态系统服务产生重要影响。但贵阳市景观格局与城市景观生态系统服务的耦合关系是什么?生态系统服务间权衡与协同如何?这些科学问题尚未得到解答。因此,本研究以典型喀斯特
随着全球生态环境的恶化及人类对环境问题的高度重视,国际上首先提出:“应用自然教育的方式引导人类关注自然环境的生态问题并付诸实践行动保护自然环境”。自然教育涉及多领域的学科内容,笔者以风景名胜区为研究对象探讨其自然教育模式的构成,为风景名胜区自然教育设计提供参考性的策略。笔者对国内外自然教育现状及其相关理论体系的文献研究,归纳出风景名胜区自然教育的模式由自然教育内容、自然教育方式、自然教育窗口三部分
车辆轮胎与道路摩擦后产生的轮胎磨损颗粒大量富集在道路周围,初期降雨后轮胎磨损颗粒随雨水径流流入生物滞留系统,对系统运行效能造成未知影响。本研究从宏观到微观,从系统植被层到系统微生物功能,探究了输入不同浓度的轮胎磨损颗粒对系统运行效能的影响,以期在轮胎磨损颗粒对生物滞留系统的影响上提供理论依据及参考经验。（1）对系统宏观运行效能进行研究表明:轮胎磨损颗粒的输入通过堵塞土壤孔隙以削弱系统渗透速率（OR
工程塑料尼龙6（PA6）是一种综合性能优异的五大工程塑料之一,其分子链规整,结晶度高,强度高,韧性好,易成型加工,被广泛应用于汽车和电子电器行业。但是PA6分子链上的弱键易受到热、氧、光等环境因素的影响,发生一系列的热解反应,使PA6主链发生断裂,导致材料的物理性能和化学性能下降。添加抗氧剂能有效抑制PA6的热氧老化行为,提高其使用寿命。通常应用在PA6中的抗氧剂分子量低为500-1000g/mo
抗生素的滥用已造成日益严重的环境问题,其较强的持久性、生物活性和生态毒性可通过食物链直接威胁到人类健康,如何处理抗生素废水已成为国内学者关注热点。目前,常见的抗生素废水处理方法有普通化学法、物理法、生物降解法和高级氧化法。而光催化氧化技术作为高级氧化法中的一种,因其能源节约和环境友好的优点,被认为是处理抗生素废水的理想方法。Bi2WO6具有稳定的晶体结构、较窄的禁带宽和良好的光催化活性等特点,引起
地虎-九星铜多金属矿床位于贵州省黔东南从江地区,在大地构造上属于江南造山带西南端,是从江地区Cu-Au-Ag-Pb-Zn-Fe多金属成矿区重要成矿代表。本文在对地虎和九星铜多金属矿床野外地质观察和样品采集的基础上,对样品进行岩石学、矿相学观察,划定成矿阶段。并对石英流体包裹体进行显微测温,激光拉曼、H-O同位素组成以及石英原位元素地球化学分析,从流体包裹体及原位元素地球化学方面进行研究,为明确矿床
随着社会经济的发展,人们逐渐意识到吸烟的危害并开始尝试选择新型无烟气烟草制品。口含烟为新型无烟气烟草制品之一,目前在国际控烟环境下,各大烟草公司争相进行探索研究。由于口含烟吸食方式异于传统烟草制品,传统烟叶直接入口会产生浓烈辛辣味和刺激性而不适于直接制作口含烟,且烟叶中含有烟碱、特有亚硝胺等有害物质,威胁人体健康。因此,有必要采用合适的工艺手段以提高口含烟的烟草原料适用性和质量。本文旨在利用外源微
提供优质安全的饮用水对于保障公众健康至关重要。在饮用水系统中,饮用水经过混凝、沉淀、过滤、消毒等水处理工艺满足国家《生活饮用水卫生标准》（GB5749-2006）要求后进入饮用水输配系统,最终到达用户。饮用水输配过程中会发生一系列物理、化学和微生物的作用过程,使得管网中水质发生变化。管网中一个重要过程就是微生物利用有机物再生长繁殖并形成生物膜。因此,本研究通过对饮用水处理系统和输配系统中的微生物进
类案匹配是从案例库中寻找与指定案例具有相同犯罪情节的案例,从而支撑自动量刑、法条推荐等智能辅助办案。传统类案匹配方法主要基于词袋模型将案件表示为文本向量,通过计算向量之间的距离来获取相似度。然而,在实际审判过程中,案情事实中的知识要素及其顺序对量刑结果有直接影响。由于传统方法缺乏对案件要素知识考虑,从而导致语义分析薄弱,难以有效支持类案匹配应用。针对上述问题,本文提出一种结合案件要素序列的类案匹配