创新驱动经济增长是新发展理念的首要理念，国务院在科技创新方面加大了经费支持。据国家统计局公开数据显示，科技研究与试验发展经费支出逐年增加,2015年我国科技研究与试验发展经费支出达14000多亿元，约比2011年增加了63％，五年内科研经费投入翻了一番多。高等教育学校作为我国科研创新的主要力量，其所承担的科研项目和科研经费也呈现大幅增加的趋势，2015年高校科研支出为998亿元，约比2011年增加了50%。在此基础上，高校的科研水平和科研质量也大幅提升。　　在国内科研机构及高校科研活动取得卓越成绩的同时，高校科研经费内控失控的现象也不断引起社会关注，高校科研经费舞弊的丑闻层出不穷，违法违纪案件时有曝光，且趋势愈益严重。这类舞弊案例一方面导致科研经费的低效与浪费，更严重的后果是造成了社会对高校科研人员的误解。究其原因，主要在于制度的约束力不足，同时制度也落后于时代的发展需要。因此，保障高校科研经费的合法、合规、高效使用，激励广大的科研人员更积极地进行科学研究，完善的高校科研经费内部控制制度已成为当务之急。　　为了提高行政事业单位内部管理水平，防止高校违法舞弊案例的发生，国家各部委在持续大幅增加科技方面投入的同时，先后出台了一系列的的规范性文件来加强科研经费的监管，规范内部控制，内部控制建设在行政事业单位破冰启程。中共中央办公厅、国务院办公厅又于2016年7月印发了《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》，旨在深入实施创新驱动发展战略，促进大众创业、万众创新。高等教育学校在行政事业单位中也是尤为重要的组成部分，内部控制的完善与建设也逐步引起重视，并进行一系列的实践和探讨。　　本文在结合我国国情和高校普遍性特点，在一定的理论基础上，对我国近年来制定的一系列关于科研经费管理的规范性文件进行汇总，同时借鉴科研水平比较先进，内部控制相对完善的美国的高校科研经费管理模式。同时通过对国内学者已发表的相关研究文献进行梳理，归纳出国内高校科研经费管理问题及成因。以国内具有代表性的高校-S大学为例，对其科研经费管理现状及科研经费使用出现的问题进行整理汇总，结合S高校的实际特殊性与国内高校管理特点的普遍性，提出改善S高校科研项目及相关经费管理的内部控制制度的建议及方案，以此提高S高校的科研经费管理水平和效益，加强S高校科研经费廉政风险防控，同时为我国其他同类高校科研经费的管理内控系统完善提供参考，进而为国内行政事业单位内部控制的完善提供思路，响应国家号召，强化高校服务社会职能，创新改革科研项目及经费的管理模式，促进形成积极活跃的科技管理和运行机制，提高广大科研人员进行科研创新的积极性，提高我国科研水平。