科技型中小企业是推动科技创新的重要源头,在促进科技成果转化方面具有独特的优势。随着我国政府高度的重视,科技型中小企业2011年完成了2.74万亿元的工业增加值。但是,由于我国科技型中小企业还处于幼稚阶段,并且还未建立与之配套的融资机制,使得科技产业的发展长期备受资金的困扰。于是国家于1999年设立了科技型中小企业技术创新基金,专门用于扶持科技型中小企业的创新发展。创新基金的建立和运作,有效地促进人才、技术、资本、市场的结合,但是缺少对创新基金扶持的效果、效率全面系统的评价,使得创新基金发展也受到一定阻碍,基于此,本文提出了创新基金的效果与效率角度来研究科技型中小企业的课题。本文以科技型中小企业为研究对象,首先介绍了受创新基金扶持的科技型中小企业具有的共性特征,然后以项目申请数将创新基金划分为三个阶段,包括超常发展期、震荡波动期和理性增长期。接着本文建立了效果的三层评价模型,以基金效果为第一层,项目效果为第二层,基金项目承担企业的效果为第三层,通过三层的逐渐递增,由直接到间接的深入分析,充分展示了创新基金的运行效果；效果分析仅仅是绝对量的展示,因此还需要评价投入是否带来了足够的产出,本文接着建立了DEA模型,以DEAP软件为工具,从两个方面分析了投入资金的效率。首先分析了直接资助与贷款贴息两种方式的效率情况,并且总结出各种的调整比率,并且得出了贷款贴息的扶持方式比无偿资助的方式效率高；其次分析了不同投入种类的资金的效率问题,通过分析,发现效率相差不大,这说明各资金效率不在投入匹配度上,而是投入的量上。通过分析调整值,发现在既定的产出数量下投入存在冗余,导致效率低下,因此应该减少相关投入的数量,或者通过增加产出来提高效率。在以上分析的基础上,本文总结了科技型中小企业技术创新基金效果与效率低下的原因,并从企业层面、产业层面和政府层面逐项提出相应的解决对策。