2012年《刑事诉讼法》进行了第二次修订,其中新增设的犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得特别没收程序尤为引人关注,该程序承载了民众的广泛期望。这种期望源于近几年越来越严重的贪官携款在逃、各种形式的恐怖组织犯罪不仅威胁到了民众的财产、健康甚至生命,也严重动摇了党和政府的根基。可以说,在犯罪嫌疑人、被告人逃匿或死亡后,如何没收违法所得早已成为司法制度建设中无法回避的问题。这一程序的产生不仅与《联合国反腐败公约》接轨,同时也为我们解决贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪案件的犯罪嫌疑人、被告人逃匿或者死亡,诉讼程序无法继续进行致使大量违法所得及用于犯罪的财产流失,无法被追缴这一困境提供了解决方案。特别没收程序设立至今只有4个条文及少量的司法解释规定了没收程序的适用范围、申请、公告、审理和救济等程序,这对于一个完善的程序来说显然是不够的。目前,各界仍然在对特别没收程序中存在的争议进行激烈的讨论,在程序法律性质的认定以及程序中证据规则的运用等一系列问题上都存在着争议,急需我们去完善。我国在设计特别没收程序的时候主要参照了英美法系的民事没收制度和大陆法系的缺席审判制度。当然还有其他地区也设立有颇具特色的相关制度,如新加坡和台湾的单独没收制度,虽然每个地区在制度的设立上、程序的操作上以及相关配套制度的构建上都存在差别,但是仍然不妨碍我们学习并吸收其中优秀的经验。随着新形势下反腐力度的加大,良好的贯彻实施特别没收程序就显得特别重要,任何一个程序想要发挥其应有的作用,不仅需要司法机关的积极配合,还需要在实施的过程中不断发现问题解决问题。本文的正文主要分为四个部分。第一部分主要对犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序进行概述。在这个部分里,先对该程序的设立背景,现阶段的适用条件及救济措施进行阐述。在此基础上从现有程序自身出发,分析特别没收程序的特点及预期达到的目的。第二部分通过典型案例分析特别没收程序存在的一些缺陷。第三部分集中对特别没收程序的基本问题进行分析,主要包括：特别没收程序的法律性质、适用条件、证明责任、证明标准以及涉案财产的范围等。在此基础上运用比较法研究,通过对其他地区相关制度的对比,对现阶段特别没收程序的优缺点进行深入剖析。第四部分则是基于上文的研究,对特别没收程序中亟待解决的问题提出相关的完善措施。针对特别没收程序适用案件范围进行详细化建议；明确特别没收程序中“重大影响案件”的范围；明细化涉案没收财产的范围；设立并完善没收财产的保全措施。完善特别没收程序利害关系人的权利保障；加强国际合作,建立资产分享制度。