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科学研究活动正以前所未有的规模、速度和力度影响着人类社会，同时，国家也越来越依赖科技的发展。文章认为国家与科学家之间是一种交换关系。如何合理有效地利用科研经费是资助方、受助人及其所在单位各方利益的焦点所在，也是科研管理追求的最终目标。国家为了确保其所投入的资金带来所期待的效率，因而加强了管理。但这在降低风险、提高效率的同时，也影响了科学研究的自由，从而使科学研究活力不足，对人才培养不够。更严重的是，由于对管理者缺少实质的制约，容易导致腐败行为。这样使课题制既没有事实的有效性，也没有认受性的有效性。如何使课题制良性运行，关键是要重建课题制的有效性：在商谈原则的基础上，既考虑充分国家对投入的效率的追求，也注意保护科学研究的自由，同时加强对管理者的监督。