科研院所是知识创新和技术创新的主体，是提高国家竞争能力和促进经济发展的重要力量，自2000年国务院下发《国务院办公厅转发科技部等部门关于深化科研机构管理体制改革实施意见的通知》以来，我国各地特别是北京市政府经过近十年的实践，逐步完成了研发型、公益型等科研院所的转制工作，除一些医学、农业类的院所仍维持原事业性质外，大部分均以企业性质或一院（所）两制模式运行。但是科技与经济“两张皮”以及科技创新能力不强等深层次的问题还没有从根本上得到解决，科技与市场经济相脱离的现象十分严重，科技成果的应用转化率不高，不适应市场需求；科技人员难以稳定，流失现象比较严重，归其原因为部分己转制的科研院所中相当一部分尚未按现代企业制度运作，表现为法人治理结构及运行机制不健全，激励约束不到位，活力不足制约了企业的技术创新等等。科研院所面向市场经济，建立运行适合自身发展的现代企业制度是解决上述问题的有效途径。但是由于转制科研院所与一般企业的相比，有其特殊性，如拥有大量的无形资产和专业技术人才；以科研和技术服务为主营业务等。因此，转制科研院所建立现代企业制度不能完全照搬一般企业的做法，而应在分析科研院所特殊性的基础上，根据科研院所的实际情况来设计和实施方案。