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目的：肝细胞癌临床发病存在典型的性别差异现象,雌激素及其受体在其中扮演重要角色,前期在乳腺癌领域的全基因组关联研究结果发现,位于染色体6q25.1区域的重要遗传多态位点与乳腺癌的易感性密切相关,这些位点临近雌激素受体α基因或位于其内含子区,可能通过雌激素受体α基因影响肿瘤发生发展,但它们与肝细胞癌发病风险及预后的关系尚不清楚。我们拟在前期研究基础上,探讨6q25.1区域重要遗传变异对肝细胞癌易感性的影响,并比较不同治疗方式的男女性患者的预后特点,及遗传变异对肝细胞癌患者预后的影响。方法：应用病例对照研究的方法,纳入2568位肝细胞癌患者及2785位正常对照,经外周血淋巴细胞提取基因组DNA,针对染色体6q25.1区域rs9485372、rs9383951及rs2046210三个重要遗传多态位点,应用TaqMan探针法进行基因分型,以非条件logistic回归分析计算肝细胞癌风险的比值比及其可信区间,描述不同基因型在不同条件下与肝细胞癌易感性的关系。同时对肝细胞癌患者的临床资料进行分析,采用寿命表法计算生存率,以Log rank检验进行生存曲线比较,分析不同基因型、不同治疗方式及不同性别与患者的预后关联。结果：对于rs9485372,与GG基因型相比,AG基因型携带者罹患肝癌的风险增加了21%(OR=1.21,95%CI=1.06-1.39,P=0.0047),AA基因型携带者罹患肝癌的风险增加了34%(OR=1.34,95%CI=1.13-1.59,P=0.0009),A等位基因携带者(即AG+AA)罹患肝癌的风险总体增加了25%(OR=1.25,95%CI=1.10-1.42,P=0.0008),该SNP在女性群体中对患病风险的影响更为显著,与GG基因型相比,AG基因型携带者罹患肝癌的风险增加了45%(OR=1.45,95%CI=1.05-2.00,P=0.0217),AA基因型携带者罹患肝癌的风险增加了121%(OR=2.21,95%CI=1.45-3.37,P=0.0002),A等位基因携带者(即AG+AA)罹患肝癌的风险总体增加了62%(OR=1.62,95%CI=1.19-2.19,P=0.0020)。对于-9383951,与GG基因型相比,CG杂合子基因型携带者罹患肝癌的风险增加了23%(OR=I.23,95%CI=1.06-1.43,P=0.0065),CC基因型携带者罹患肝癌的风险增加了82%(OR=1.82,95%CI=1.05-3.14,P=0.0318),C等位基因携带者(即CG+CC)罹患肝癌的风险总体增加了26%(OR=1.26,95%CI=1.09-1.46,P=0.0020)。未发现rs2046210与人群肝细胞癌易感性相关(AG vsGG,P=0.8715；AA vs GG,P=0.5345)。生存分析未发现以上遗传变异位点与未行手术治疗的肝细胞癌患者的预后相关(log rank检验,均P>0.05),对术后患者的配对研究提示女性患者的部分围手术期肝功能指标优于男性(χ2检验,均P>0.05),术后总体生存率优于男性(log rank检验,P=0.04)。结论：我们发现位于染色体6q25.1区域的两个独立的遗传多态位点,影响汉族人群肝细胞癌发病风险,尤其体现在女性群体,其功能可能与雌激素受体相关,但未发现其影响肝细胞癌患者的预后,女性患者对肝损害有较低的易感性,围手术期有更好的肝功能状况,可能在一定程度上较男性有更好的预后结果。