缺氧诱导肝星状细胞中LncRNA表达谱的变化和功能的探究

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背景与目的:肝纤维化可由多种慢性肝损伤引起,并可发展为肝硬化和肝细胞癌,在肝纤维化的发生发展过程中,肝星状细胞(hepatic stellate cell,HSC)活化承担了重要作用。缺氧在HSC活化和后续肝纤维化中扮演了重要角色,此外,长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在肝纤维化中的作用已逐步得到重视,但目前有关缺氧条件下lncRNA表达谱的变化及其功能的研究尚少。本研究通过利用二氯化钴(cobaltous chloride,CoCl2)诱导细胞缺氧环境,一方面检测与HSC活化相关因子的表达情况,另一方面,通过全基因组测序分析缺氧处理后HSC中lncRNA表达谱及其功能的变化,旨在为肝纤维化的诊断及治疗提供新思路。方法:体外培养HSC,采用不同浓度的CoCl2处理大鼠HSC,利用细胞计数试剂盒(cell counting kit-8,CCK-8)法检测CoCl2对大鼠HSC活力的影响;采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)测定CoCl2处理后HSC中缺氧诱导因子-1α(hypoxia-inducible factor-1α,HIF-1α)、α-平滑肌肌动蛋白(α-smooth muscle actin,α-SMA)、I型胶原蛋白(type I collagen,collagen I)、转化生长因子-β1(transforming growth factor-beita1,TGF-β1)及Smad3的mRNA表达水平的变化。同时,采用400μmol/L的CoCl2处理HSC后利用全基因组测序分析CoCl2处理后HSC中lncRNA表达谱的变化,并对筛选的差异表达的lncRNA进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。结果:不同浓度的CoCl2对大鼠HSC的活力具有不同的抑制作用,且HSC的活力随着CoCl2作用浓度的增加和作用时间的延长而下降。另外,缺氧处理后,HSC中HIF-1α、α-SMA、collagen I、TGF-β1、Smad3的表达明显高于未处理组。HSC全基因组测序结果表明,与未处理组相比,缺氧处理后,HSC中有137个lncRNA显著上调,而151个lncRNA明显下调。此外,进一步分析显示,差异表达的lncRNA主要富集在细胞缺氧,细胞分化、增殖和细胞外基质(extracellular matrix,ECM)的沉积等过程中。结论:本研究发现缺氧可诱导HSC活化,并可上调与肝纤维化相关基因的表达。此外,缺氧可引起HSC中lncRNA的差异表达,揭示了lncRNA在HSC活化中起关键作用,提示lncRNA可能成为以后肝纤维化的新的诊断标记物和治疗的靶点。
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