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为了预测原核生物中的直系同源关系，我们开发了一种新的算法，称之为GOST(Globally optimized STrategy)。与现有方法所不同，我们考虑了原核生物操纵子的结构在进化过程中的保守性，并且采用全局优化策略，在两个物种的基因组之间所有的许多同源关系中，识别出其中的直系同源关系。我们还将GOST的性能与其他3种较为流行的基于序列相似性的直系同源基因预测方法相比较，对大量的原核生物基因组序列做计算。从覆盖度和错误率的原则上看，GOST都要好于其他3种方法。同时，GOST的运算时效性也较高，可以在数分钟内计算出两条原核生物基因组之间的直系同源关系。