在实践中,我国的生态环境损害赔偿制度取得了很大成就,但是尚有不足。主要有以下几方面:第一,生态环境损害赔偿的概念的法律性不强。造成这种不足的原因有:生态环境损害对象的范围不清、对于生态服务功能的理解不够准确等。通过对于生态环境损害对象的范围的清晰划分与对生态服务功能的正确理解为提高生态环境损害赔偿概念的法律性打下基础。同时为了增加生态环境损害赔偿概念的法律性,可以尝试对于行为主体进行明确。第二,生态环境损害在不同法律规范之间是具有冲突的。通过对于生态环境服务功能的解析对生态环境服务功能这一关键概念进行确定,有助于对于生态环境损害有准确理解。对于生态环境损害与环境侵权以及民事侵权之间的不同损害的关系进行厘定,借鉴美国的环境侵权法律的对于环境侵权规则中因果关系证明方式,通过对于生态环境损害程度不同的情况下适用不同的证明方式,实现对于环境侵权的规则的扩张适用。这些都有助于解决生态环境损害在不同法律规范中的冲突。第三,生态环境救济模式目前的私法化选择的合理性值得思考。我国的生态环境救济模式的选择是私法化,这种私法化选择不利于生态环境的保护。私法化的选择的弊端需要通过对于整个法律的体系结构进行调整来尝试解决,而公法化的弊端可以通过增加法律相关规定就得以解决,建议选择公法化的环境损害救济模式,并通过对于公法化的弊端进行克服以保障生态环境损害赔偿制度的推行效果。第四,对于赔偿期间的界定、修复义务的规定、修复费用的计算不够清晰。生态环境损害赔偿制度中对于赔偿期间的规定不够清晰,建议按照可以修复的生态损害和部分可修复、部分不可修复的生态损害区分来适用不同的赔偿期间;还要对于修复义务的进一步明确,区分过错性损害以及非过错性损害适用不同的修复义务;对于生态修复费用的计算方法存在的不足,采取不同的环境要素使用不同的计算方法来克服。生态环境损害赔偿制度在运行中也有一些突出问题。例如对于生态环境损害的污染源头难以查清的问题推荐使用溯源执法的办法,根据数据统计分析有利于准确找出污染者。对于一些重大的生态环境损害案件的处理经验不足的有必要建立重大案件的线索追踪的工作机制,对于以往发生过的重大生态环境损害案件进行归纳,对于重大案件有参考以及借鉴作用,也可以大大提高办案机关的效率。同时,应当对生态环境损害赔偿工作的各个过程中政府的权力清单进行明确,保障政府的参与效果;生态环境部门内部部门之间、上下级部门之间、与其他部门之间加强合作联动,建立信息共享、技术指导、重大案件联合办理等机制,加强联合。对鉴定与评估程序制度存在不够完善,以及能力不足的问题应设置生态环境损害简易鉴定评估程序、提高鉴定评估人员队伍的专业素质。