仿刺参(Apostichopus japonicas Selenka)，属棘皮动物门(Echinodermata)、游走亚门(Eleutherozoa)，海参纲(Holothuroidea)，楯手目(Aspidochirota)，刺参科(Stichopodidae)，仿刺参属(Apostichopus)，主要分布在北太平洋沿岸浅海。虽然国内外对海参纲的遗传多样性有些研究，但仍未见有利用DNA分子标记研究仿刺参的遗传多样性相关方面的报道。本文采用ISSR和COⅠ两种分子标记方法对大连海域金州大魏家(JD)、金州七顶山(JQ)、长兴岛(CXD)、大刘家(DLJ)和皮口(PK)五个地理亚群的养殖群体的仿刺参的遗传多样性和种群遗传结构进行了研究。结果表明，ISSR揭示了这五个地理亚群的仿刺参具有很高的遗传多样性。筛选出的12个ISSR引物扩增出148条带子，其中多态条带为140条，总的多态位点比率为94.59％，平均多态位点11.67条，Nei指数为0.2756，Shannon指数为0.4224，群体间遗传分化指数Gst＜0.5，说明这五个养殖群体的仿刺参群体的遗传多样性丰富。种群基因分化度Gst的变动范围不大，为0.0378～0.0706，平均为0.0507，说明种群间的分化较小。种内总的基因多样性为0.2756。表明：遗传多样性主要存在于亚群内，而不是亚群间，五个地理亚群显示出了较大的遗传相似性，这是由于基因流而造成的；通过计算五个亚群中任何两亚群之间的遗传多样性，发现任何组合的遗传多样性都很丰富，亚群之间的基因流水平也较高，遗传分化指数最大值仅为0.0706，同样说明了由于基因流的作用，亚群内的变异要远远大于亚群间的变异，而成为变异的主要方式。 从COⅠ序列的分析也可以证明这一点。经测序，比对和对位排列后，有377个碱基具有同源序列。每个群体随机选取5个个体进行测序，其中有17个个体具有变异位点。变异位点数为26个，其中15个为多态位点。在26个变异位点中，有22个发生转换的位点，2个发生颠换的位点，2个转换和颠换同时存在的位点。在17个具