农业科技园区是我国农业生产力和农业科技水平发展到一定阶段的产物，从二十世纪90年代初开始农业科技园区以一种新的农业发展模式出现并迅速发展，促进了农业高新技术的推广和应用。本文以昌吉国家农业科技园区（文中简称为“昌吉园区”）为研究对象，通过对内驻企业的调查反映出园区运行现状中存在的问题，并提出相应的对策。昌吉园区运行现状中主要存在的问题有：（1）基础设施不完善；（2）优惠政策落实不够；（3）园区管理服务不到位。园区内驻企业存在管理标准及考核实施不力，人力资源管理水平较低以及不适当的农技推广方式，影响自身的同时制约园区的发展。对策：作为农业企业的孵化器和实际生产基地，昌吉园区需要有针对性的为内驻企业提供基础设施，以满足企业生产运营的需求。落实优惠政策，使企业在园区中切实得到实惠；加强管理与服务，园区作为纽带应协调好政府、内驻企业与农户之间的关系，以完善的服务协助于企业的发展。同时，内驻企业应该提高自身管理水平，制定与实施管理工作标准、绩效考核指标、培训教育计划，并运用合适的方式进行农技推广。推动昌吉园区乃至新疆的经济发展。