驱动蛋白是到现在为止所知道的最小的马达蛋白,在细胞中行使包括运输和有丝分裂等功能。在驱动蛋白中,一个最基本的问题就是ATP的水解产生的能量如何转变为驱动蛋白前进的动力。其中,ATP与驱动蛋白结合之后颈链像拉链一样与驱动蛋白头部对接的过程被认为是力产生的主要步骤之一。我们通过研究驱动蛋白的晶体结构,将颈链的拉链区域分成了六个齿,每个齿都由一个中心氨基酸和它周围与其产生弱相互作用的几个氨基酸组成。颈链拉链区的弱相互作用主要包括疏水相互作用,氢键和盐桥。通过对每个齿中氨基酸之间弱相互作用的分析,我们发现在颈链的对接过程中,每一个齿的形成都是这几种弱相互作用相互配合的结果。并且前一个齿的形成缩短了下一个齿氨基酸之间的距离,为后一个齿的形成创造了条件。NAMD是一种开源的分子动力学模拟软件。我们利用NAMD对驱动蛋白颈链对接过程进行了计算机模拟,部分验证了我们对颈链拉链区相互作用所做的分析。