采用多相分类方法对分离自中国温带地区和亚热带地区胡枝子的88个根瘤菌菌株进行了分类。采用的多相分类方法包括表型性状测定及其数值分类、ARDRA(16S rDNAPCR-RFLP)、全细胞可溶性蛋白电泳(SDS-PAGE)、Ribosomal IGS PCR-RFLP、16S rDNA序列测定和DNA-DNA杂交等。 在数值分类和全细胞可溶性蛋白电泳中，共有9个群被鉴定。通过16S rDNA PCR-RFLP、Ribosomal IGS PCR-RFLP、16S rDNA序列测定和DNA-DNA杂交，这9个群被鉴定为B．japonicum、B．elkanll、B．yuanmingense、M.amorphae、M.huakuii、S.meliloti和3个分别与B．yuanmingense、R.gallicum、R．tropici相关的genomic species。DNA-DNA杂交表明与R．tropici相关的genomic species是一个新种(群7)。与B yuanmingense、R.gallicum相关的两个genomic species(群9和群6)确切的分类学地位还需要包括DNA-DNA杂交在内的更多分类方法来确定。 胡枝子根瘤菌与胡枝子的种类之间没有特异性，而与地理区域之间有特异性。慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)的根瘤菌种和与R．tropici相关的genomic species主要分离自亚热带地区；中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)的根瘤菌种和与R．gallicum相关的genomic species都分离自温带地区。 nifH和nodC的系统发育学分析表明，胡枝子根瘤菌的共生基因不同，与同种胡枝子结瘤的根瘤菌的共生基因也不同。它们可能有不同的起源，是单独进化的。