本研究在SSrRNA等基因测序、分析的基础上，首次完成了对纤毛门内系统发育地位长期不明的若干重要科属之系统学分析，涉及3纲、7目内14个科．属、26种(28种群)纤毛虫之小亚基单位核糖体基因序列，5个种的Alpha微管蛋白基因序列以及3个种的ITS1-5.8S-ITS2基因序列分析、分子树构建、系统地位的确认，并对其分类学上的混乱和疑点进行讨论和澄清。 主要成果包括在分子水平上确定了： 1．旋唇纲： (1)凯毛虫应代表了旋唇纲内的一个初级和边缘类群，在纲内处于亚纲级水平，并与其他旋唇纲其他类群构成姐妹群；因此建议建立一新亚纲，原腹毛亚纲Protohypotrichia nov．subcl,包括原来凯毛虫日内所有类群。 (2)舍太虫属应该和游仆虫属接近，隶属于楯纤虫属一游仆虫属亚群。 (3)支持伪角毛虫属为一单系； (4)支持Berger(2003)重新厘定系统中的全列虫属为一单系；表列虫属的系统位置确实与厘定后的全列虫属分开。 (5)尾刺虫属目前被认为共包含有4个形态相近的种，对其三个习见种进行基因水平的分类学和系统关系探讨，证实三种可以从基因水平分开。 (6)证实原克鲁虫亚纲可能代表了一个单独的类群，不能归入其它任何一个已知纲内。建议原克鲁虫亚纲应该提升为原克鲁虫纲Protocruziidea nov,．class。 2．寡膜纲： (1)确认了小心口虫属与类右毛虫属的系统地位处于典型盾纤类与膜口类之间，为居间类群，并建立新目：斜头目Loxocephalida now．ord．，隶属于盾纤亚纲。 (2)证实伪钟虫属为单元发生系。 (3)聚缩虫属可能为多元发生，并与拟聚缩虫属有很近的亲缘关系。 (4)表单缩虫属作为一个单独的分支与伪钟虫属有比单缩虫属更近的亲缘关系。这样的结果提示我们在分析缘毛类属级系统关系时，银线系是比群体单体更重要的形态学特征。 3．叶咽纲： (1)支持叶咽纲为单元发生系； (2)漏斗毛亚纲(以Isochona为代表)与叶日闵亚纲表现出很近的亲缘关系，暗示出大核是否异质及背面退化的纤毛器这两个特征更能提供系统进化方面的信息； (3)偏体虫属与哈特曼虫属系统关系较近，且偏体虫属是叶咽纲中较为高等特化的类群，与形态学研究结论一致。