目前,国家重大政策措施贯彻落实情况跟踪审计（以下简称“政策跟踪审计”）是国务院赋予审计机关的一项新职能,也是国家审计“经济体检”作用的重要体现,在稳增长、促改革、调结构、惠民生、防风险、推进国家治理体系和治理能力现代化方面发挥着重要作用。但是,我国现存的政策跟踪审计项目管理模式由于缺乏系统的、科学的理论指导,加之审计任务繁重而审计力量不足,在项目管理上还存在计划管理不科学、资源利用效率低、制度规范不到位、后续跟踪整改不彻底的问题,极大地影响了政策跟踪审计在国家治理体系中作用的发挥,需要在理论和实践上进一步创新。本文首先回顾了国内外关于审计项目管理、政策跟踪审计及复杂系统理论应用的相关研究成果,对审计项目管理和政策跟踪审计做出了概念界定,明确了政策跟踪审计相比其他类型的审计,具有时效性、政治性、持续性、跟踪性的特点,因此在政策跟踪审计项目管理中应更注重政策导向,关注审计问题产生的原因,以及审计查出问题的后续整改落实情况。之后,本文从审计项目管理本身的开放性、协同性、非线性、自组织性四个方面阐述了复杂系统理论应用于审计项目管理研究的可行性,接着从内外部两方面阐释了审计项目管理复杂性产生的根源,再针对审计项目不同流程管理的特点,运用复杂系统的复杂适应理论、耗散协同理论、脆性理论和混沌理论,构建了审计项目管理框架,包括计划管理、实施管理、报告管理、后续管理四部分内容。最后,本文以Y市保障性安居工程资金投入和使用绩效审计为例,剖析了审计项目在计划阶段审计重点的确定不科学,在实施阶段审计力量不足、审计人员综合素质不够,在报告阶段未明确责任主体、问题披露不细致,在后续管理阶段未总结经验方法,跟踪整改未获取一手数据的问题,并提出了在计划阶段要主动适应社会和国家政策制定的需求,在实施阶段组织专门机构进行协调管理,加强人力资源整合,在报告阶段明确责任主体,加强审计结果公告制度,在后续阶段建立经验总结回顾制度和跟踪整改专人负责制度的改进建议。