随着高校教育体制改革的深化，很多高校或试行或全面实行本科生导师制。本科生导师制是目前实行的本科生班主任制和辅导员制的重要的补充，它注重对学生的个别指导。本科生导师制的顺利实施对实行个性化教育，学分制的改革和创新精神与实践能力的培养都具有非常重要的意义。但是，在其推行过程中依然困难重重。根据这个现象，本文进行深入的调查研究认为本科生导师不能顺利推行的一个重要原因是其没有同我国高等院校长期以来实施的辅导员制有机的结合，总会产生冲击或制约。本文首先通过分析两种制度的历史沿革，实施现状以及各自存在的问题，以对两种制度有较为清楚的认识，找出两种制度衔接与协调发展的关键点。其次，分析探讨本科生导师制与辅导员制之间的关系，阐述本科生导师制的实施对辅导员制的冲击，辅导员制对本科生导师制实施的制约，以及两者形成良性互动的可行性。最后，通过深入的调查研究，探寻出妥善处理二者关系的途径，为改革新形势下本科生培养、教育与管理提出相应的对策与建议，以期为本科生导师制作用的充分发挥，为顺利实现培养创新型人才的目标提供一定的帮助与支持。