以往的东林学派思想研究,偏重于实学思想、经学思想方面,有关其哲学思想的研究比较缺乏,尤其缺乏关于其哲学思想的整体性、系统性的研究。有鉴于此,本文力图对东林学派哲学思想作整体性、系统性的研究。本文不持民国以来大多学者的观点,或视其为王学修正论者（梁启超、嵇文为）,或视其为朱学复兴论者（冈田武彦、侯外庐、葛荣晋）,或视其为朱王调和论者（劳思光、张学智、钱明）,而是将其视为独立的学术思想流派。东林学派以救世安民为己任,力挽王学末流放任本性之狂澜,匡正学风,融合程朱理学与阳明心学,其思想呈现出清晰的发展脉络和鲜明的理论特征。为揭示东林学派哲学思想发展脉络,本文选择邵宝、顾宪成、高攀龙、孙慎行四人作为代表来梳理其哲学思想从起源到发端、再到成熟与完善、最后趋于精深的发展历程;为揭示东林学派哲学思想的理论特征,本文在着重阐述其如何融合程朱理学与阳明心学的同时,仔细挖掘、认真分析其哲学思想在哪些地方有别于程朱理学与阳明心学。本文认为,不同于程朱以“理”为本体、阳明以“心”为本体,东林学派以“性”、以“善”为本体;不同于朱熹以理善说性善,东林学派由善体说人性善;不同于阳明以及阳明后学划分“格物”与“致良知”,东林学派以为“格物”即“致良知”,强调用格物穷理以致良知。“格物穷理”为朱熹所强调,“致良知”为王阳明所强调,则由“用格物穷理以致良知”说不难看出东林学派融合程朱理学与阳明心学的理论特征。本文未设专章集中论述东林学派哲学的理论特征,而是将有关论述分别放在对其代表人物之哲学思想的论述里。本文按东林学派哲学思想发展历程上的先后,依次叙述邵宝、顾宪成、高攀龙、孙慎行四人的哲学思想。邵宝是薛应旂的老师,他的思想经由薛应旂的传承,成为东林学派哲学思想的直接源头。邵宝学宗程朱:以纯粹至善的理为最高本体,以为纯粹至善之理下贯为人性,故人性善;倡导格物致知方法,反对当下顿悟;强调敬慎的修养工夫,即始终保持心的敬慎专一和事上的谨慎戒惧。邵宝视程朱理学为儒学正统,自觉继承之,不是为学术而学术,而是针对当时的空虚学风,希望以务实精神和实修功夫来救治时弊。顾宪成是薛应旂的学生,是他创立了东林学派。他创立东林学派时,正当阳明后学极盛之时,也是王学流弊滋生之时。为了扭转王学末流引禅入儒,轻视实修工夫,拨弄“现成良知”的空疏玄谈学风,顾宪成主张重返程朱,主张以程朱的“理”本体即“性”本体说作为批判王学之空谈的救世之道,来约束时人因王学空谈而漂泊无依的“心”。他为此而提出了“性体本善”的观点,试图区分“统体之善与散殊之善”,将普遍性的本体之善与每个人的具体的性善连接起来把握。东林学派虽然打着程朱的旗号来表达自己的主张,但他们之志在救世的心愿决定了他们不可能在思想上简单地重返程朱,势必要对程朱理学作较大的改造。东林学派对程朱思想的改造,比较集中体现在高攀龙的论述里。由高攀龙的论述来看,这一改造主要体现在:不再重点关注那个独立于主体的客观外在的超绝的天理,而是侧重关注人本身的道德主体。为此,他不认同朱熹以“理”善说“性”善,强调要以“善”体说性善,提出了“善”本体说;他也不赞同阳明及阳明后学将“格物”与致良知区分开来,强调两者的一致性,主张用格物穷理以致良知。在体现融合理学与心学这一点上,分别代表东林学派哲学思想发展三个阶段的代表人物——顾宪成、高攀龙、孙慎行——有着共同的理论特征:反对“无善无恶”说,辩明性善宗旨;提倡本体功夫合一;志在端正世道,希望以正学术而救世道人心等。但他们各自也呈现出了不同的为学特点:顾宪成虽是东林学派的开山者,但他侧重在驳斥王学流弊、辨明性善宗旨,在关于性体、心体、理体之理论分析上并不深入;高攀龙由“心”及“性”,由“性”及“理”,凸显性体,并提出以“善”为“性”的观点,把“善”上升到本体高度,主张学以复性为要,在理论上比顾宪成更加深入细致;孙慎行坚持“性”一元论,反对宋儒的“性”二元论,并提出独特的慎独思想,集东林学派哲学思想之大成。顾高孙三人代表了东林学派哲学思想的早、中、晚三期发展,而他们三人之间的承继与超越,清晰地呈现了东林学派哲学思想的发展脉络。