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天然棕色棉是一种健康无害、生态效益高的特种棉,相比白色棉具有较高的市场价值。为更好地加快棕色棉的育种进程,有必要筛选出与其纤维颜色性状紧密连锁的特异性标记,并对获得的标记片段进行研究,探索利用分子标记进行棕色纤维颜色基因选择的可行性分析,为利用分子标记技术辅助棕色棉育种加快育种进程,开辟新的技术途径。本研究利用棕彩选1号为父本,泗棉3号为母本,构建了F_2群体,从中分别选择颜色一致的单株分别构建棕色棉DNA池与白色棉DNA池用于研究,采用RAPD、SRAP和EST-SSR分子标记进行连锁