基于肿瘤突变负荷分析对膀胱癌病理机制的探讨

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目的免疫治疗在膀胱癌中发挥着重要作用。肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden,TMB)与免疫微环境的关系密切。基于TMB分析探索膀胱癌的病理机制,有助于膀胱癌免疫机制的明确,也为临床医生提供一个新的生物标志物。方法从TCGA数据库中收集与膀胱癌有关的数据,计算TMB值,将之分为高TMB组与低TMB组。分析TMB与临床数据之间的相关性,绘制生存曲线。利用limma程序包,查找两组间的差异表达基因(Differential Expressed Genes,DEGs)。对DEGs进行GO和KEGG通路分析。之后应用clusterProfiler软件包对差异基因的功能进行分析。应用GEPIA探讨差异基因与膀胱癌患者总生存期的关系。最后,建立膀胱癌TMB与免疫微环境的关系,探究膀胱癌中免疫细胞的变化。结果(1)膀胱癌中最常见的突变是错义突变。变体类型中SNP占比最大。SNV中的C>T转换最多,C>G次之。膀胱癌中突变的TP53基因与突变的FGFR3基因互斥,而与突变的RB1基因共现。突变的TTN基因与突变的ERBB2、OBSCN、FAT4、ATM、MACF1和MUC16基因间均存在共现。(2)高TMB组的总生存期明显高于低TMB组。TMB与性别显著相关。(3)本研究鉴定出69个DEGs。在高TMB组23个基因高表达,46个基因低表达。(4)GO显示这些DEGs涉及19个生理反应,KEGG显示有4个DEGs涉及“肾素-血管紧张素系统”途径。(5)发现17个基因与膀胱癌患者的总生存期显著相关,且这些基因在膀胱癌中表达降低。(6)与低TMB组相比,高TMB组中的CD8~+T细胞、记忆性CD4~+T细胞及静息的NK细胞处于较高水平,而高TMB组中静息的肥大细胞处于较低水平。结论在这项工作中,筛选了17个与预后有关的基因,这些基因有望用作膀胱癌治疗的靶标。本研究还分析了膀胱癌中与TMB相关的免疫细胞,有望促进该疾病现有免疫疗法的进一步发展与临床应用。
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