论文部分内容阅读
星状病毒(Astrovirus,Ast V)是一种无囊膜,直径约28-30 nm的单股正链RNA病毒,可以引起哺乳动物的腹泻以及禽类的肝炎等。近年来也发现部分哺乳动物星状病毒毒株具有肠道外感染的能力,甚至具有神经嗜性,可以造成宿主严重的神经症状。为了解广西水牛群中水牛星状病毒(Buffalo Astrovirus,BufAstV)的流行情况,本研究在2019年间从广西壮族自治区的南宁、贵港、北海、横县、灵山五个地区共15个水牛场中采集297份水牛粪便样品,通过巢式聚合酶链反应(Nested Polymerase Chain Reaction,Nest-PCR)方法对广西部分地区BufAstV的流行情况进行检测,利用c DNA末端快速克隆技术(R apid Amplification of c DNA Ends,RACE)扩增BufAstV的ORF2基因,使用“新一代”测序技术(New-Generation Sequence,NGS)对两个Buf A st V阳性样本进行全基因组序列测定,并对以上结果进行了遗传进化分析。结果显示样品的BufAstV阳性率约为11%(33/297),其中1-150日龄犊牛阳性率最高为18.7%(27/144)。此外对33个BufAstV阳性水牛粪便中BufAstV与其它病毒混合感染的情况进行检测,发现BufAstV与其它病原存在严重混合感染,混合感染率为45.4%(15/33),其中与牛病毒性腹泻病毒(Bovine Viral Diarrhea Virus,BVDV)的混合感染率最高为30.3%(10/33),与牛肠病毒(Bovine Enterovirus,BEV)和牛轮状病毒(Bovi ne Rotavirus,BRV)混合感染率分别是24.2%(8/33)和21.2%(7/33)。本研究通过测序共获得了19株BufAstV的部分ORFlb基因,通过分析发现,不同毒株间核苷酸同源性为53.9%-99.3%。对上述基因序列进行遗传进化分析发现广西区内流行的BufAstV主要分为四个亚群:哺乳动物星状病毒的13型、27型、32型、33型。星状病毒的ORF2基因是星状病毒分型的主要依据,使用RACE法对19株BufAstV的全长ORF2基因进行扩增,获得4株ORF2基因序列,分别命名为BufAstV/GX/NN/ORF2/S2、BufAstV/GX/NN/ORF2/12、BufAstV/GX/NN/ORF2/17和BufAstV/GX/NN/ORF2/14,它们的长度分别是2271 bp、2322 bp、2217 bp和2289 bp。对毒株的ORF2基因进行重组和同源性分析。四株ORF2基因核苷酸同源性为37.9%-53.8%;遗传进化分析发现毒株BufAstV/GX/NN/S2、BufAstV/GX/NN/12、BufAstV/GX/NN/17为肠道型Buf As t V(Mamastrovirus 33),而BufAstV/GX/NN/14属于神经型BufAstV(Ma mastrovirus 13)。使用NGS技术对部分BufAstV毒株进行全长基因组序列测序,获得两株BufAstV的基因组全序列,分别命名为BufAstV/GX/NN/14与BufAstV/GX/NN/12,基因组长度分别为6406 bp和6230 bp,包含全部三个开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)。进行遗传进化分析发现BufAstV/GX/NN/14属于Mamastrovirus 13型、BufAstV/GX/NN/12属于Mamastrovirus33型。综上所述,本研究通过广西五个地区的297份水牛粪便样品,对水牛群中的BufAstV进行检测,并从中得到19株部分ORF1b基因序列和4株ORF2基因序列以及2株BufAstV的全基因组序列,遗传进化分析发现上述毒株分为肠道型BufAstV和神经型BufAstV。这是国内首次发现神经型BoAstV感染现象,且之前的研究均是从牛脑组织中检测到神经型BoAstV,而本研究是世界上首次从牛粪便组织中检出神经型BoAstV。此外,本研究也是国内外首次从水牛粪便样品中获得BufAstV的基因组全序列,为了解其流行规律和分子特征提供重要科学依据。