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美国国家科学基金会(NSF)是美国唯一致力于支持基础研究和科学与工程各个领域教育工作的联邦机构,其资助成果对美国经济和人类福祉产生过重大影响。美国国家植物基因组计划(NationalPlantGenome Initiative,NPGI)主要资助以植物为基础的基因组学研究,参与该计划的联邦机构有美国农业部(USDA)、能源部(DOE)、国立卫生研究院(NIH)、国家科学基金会(NSF)、科学与技术政策办公室(OSTP)、管理与预算办公室(OMB)和美国国际开发署(USAID)。1998年以来,植物基因组跨机构工作组(InteragencyWorking Group on Plant Genomes,IWG)每5年制定一项5年计划来指导协调基因组研究工作。1998年正式发布了第一个5年计划《国家植物基因组计划：1998-2002》(National Plant GenomeInitiative：1998-2002),2003年发布了第二个5年计划《国家植物基因组计划：2003-2008》(National Plant Genome Initiative：2003-2008),2009年又发布了第三个5年计划《国家植物基因组计划：2009-2013》(NationalPlant Genome Initiative：2009-2013)。这些计划主要由3部分构成：第一，结构基因组研究(Structural Genomics )，即研究基因组的结构和组织；第二，功能基因组研究(Functional Genomics)，即鉴定基因组序列的作用，研究基因组结构和组织与植物功能在细胞、有机体和进化上的关系；第三，将基因组的信息和知识用于开发、改良植物和以植物为基础的新型产品。联邦政府主要侧重于第一和第二部分的研究，第三部分的应用研究主要由私人部门承担。本文主要对1998-2009年期间，NSF资助NPGI的经费、项目等有关情况进行了分析，并讨论了该计划对生物科学发展产生的影响及发展方向，希望能对相关部门的决策提供支持。