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利用了Progenesis LC-MS软件对色谱图进行保留时间匹配的校正，同时比较了同组分多次重复实验中的谱图相似率，以及两种条件下蛋白质色谱图的相似度。样品经过双酶切处理后加入作为参照的QconCAT标准蛋白混合物，上样至高效液相色谱串级质谱，后续再进行了谱图校正与定量分析。该实验流程保证了蛋白质的酶解效率以及鉴定效率，可以比较校正后的色谱总离子流图的相似度，相比其他的方法更为简单快捷和流程化，具有高通量高灵敏度的优点，总共鉴定到8000个以上蛋白。另一方面，为了有效地消除电喷雾中混合分析肽之间的离子化干扰，采用了DSMO溶剂增加了被干扰分析物的逸出效率并采用带乙晴辅助气体的朱氏喷雾器装置抑制空间离子间干扰。这些技术可以有效地实现等摩尔离子化的低干扰电喷雾模式，有利于实现蛋白质组的绝对定量。